基于超高速離心濃縮技術(shù)的HBV低載量樣本檢測體系的初步研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:
  乙肝病毒是我國主要的輸血傳播病原體之一。雖然目前在全國統(tǒng)一開展了核酸檢測措施,但仍然存在一定的殘余風(fēng)險。主要因?yàn)椴糠肢I(xiàn)血者體內(nèi)病毒載量極低,低于常用的多人份混樣檢測試劑的靈敏度,加之目前大部分進(jìn)口試劑的設(shè)計(jì)不太適合國內(nèi)的病毒流行株。針對目前出現(xiàn)的問題,本文主要目的是初步研究適合中國流行特征的HBV低載量樣本的篩查/定量檢測體系。
  方法:
  1、選定磁珠法提取體系的成分,通過正交設(shè)計(jì)表初步確定其濃度或酸

2、堿度,主要包括GuSCN、蛋白酶K、異丙醇及PH;固定其它因素,優(yōu)化單一成分濃度,最終確定提取體系各成分濃度;選擇4種廠家的硅基磁珠,比較不同磁珠的提取效果;確定磁珠種類后,優(yōu)化磁珠用量。確定提取體系后與成品化提取試劑盒(包括QIAamp(@) DNA Blood Mini Kit及MagPure Viral DNA/RNA Mini KF Kit)進(jìn)行比較。
  2、在NCBI的Nucleotide中輸入HBV、China、co

3、mplete genome等關(guān)鍵詞找到中國地區(qū)的HBV序列,經(jīng)比對后在保守序列設(shè)計(jì)引物探針,引物擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物經(jīng)PMD-19載體連接制備成質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品并測序驗(yàn)證序列,計(jì)算質(zhì)粒拷貝數(shù),并稀釋成不同濃度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品,購買第三方標(biāo)準(zhǔn)品對質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行校正,繪制HBV標(biāo)準(zhǔn)曲線,并用Probit分析計(jì)算檢測下限,驗(yàn)證靈敏度、特異性等。將建立好的HBV熒光定量檢測方法檢測100例樣本,并與羅氏cobas(@)TaqScreenMPX Test,ve

4、rsion2.0檢測試劑盒檢測結(jié)果進(jìn)行相關(guān)性分析。
  3、用HBV陰性血漿稀釋HBV標(biāo)準(zhǔn)品,制成低拷貝樣本;固定離心時間,研究不同離心力與病毒回收率的關(guān)系;固定離心力,研究離心時間對回收率的影響;最后使用低載量樣本對超高速濃縮技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證并評估其應(yīng)用價值。
  結(jié)果:
  1、提取體系的優(yōu)化結(jié)果:GuSCN濃度2.0M,蛋白酶K濃度為0.89mg/ml,異丙醇35%,PH為8;磁珠的選擇:A磁珠;磁珠用量:30ul。

5、建立的磁珠提取系統(tǒng)在高、中、低三個濃度的提取效率與兩種試劑盒比較均有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
  2、建立的HBV檢測體系引物探針特異性好,質(zhì)粒測序結(jié)果完全吻合,標(biāo)準(zhǔn)品曲線R2>0.999,擴(kuò)增效率為92.75%,線性范圍為5.0×101-2.5×109IU/mL,95%檢測下限為16.2IU/mL,批內(nèi)重復(fù)變異系數(shù)為0.15%-1.11%,批間變異系數(shù)為0.91%-4.67%。與羅氏檢測結(jié)果相關(guān)關(guān)系為y=0.916x+2.186,(R=0.

6、96; P<0.001)。
  3、當(dāng)離心力在15000g-90800g時,HBV病毒回收率從41.43%增加至88.29%;當(dāng)離心力在為90800g-138900g時,HBV病毒回收率相對穩(wěn)定在80%-90%之間;當(dāng)離心力在138900g-171000g時,HBV病毒回收率從88.29%下降至62.94%。離心時間為0.5h、1h、1.5h及2h時,其回收分別為88.31%、89.70%、88.40%、75.62%。運(yùn)用濃縮技術(shù)

7、后,發(fā)現(xiàn)8例cobas(@)TaqScreen MPX Test,version2.0漏檢樣本。
  4、將超高速離心濃縮技術(shù)與本實(shí)驗(yàn)建立的HBV檢測體系結(jié)合時,單個樣本取樣量不少于2ml時(N人份混檢時,每個樣本取2ml混合,共N*2ml),離心濃縮后靈敏度可達(dá)2IU/mL;單個樣本取樣量不少于4ml時(N人份混檢時,每個樣本取4ml混合,共N*4ml),靈敏度可達(dá)1IU/mL。
  結(jié)論:
  1、通過優(yōu)化提取試劑

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