1、創(chuàng)新性聲明本人聲明所呈交的論文是我個(gè)人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行的研究工作及取得的研究成果。盡我所知，除了文中特別加以標(biāo)注和致謝中所羅列的內(nèi)容以外，論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果；也不包含為獲得西安電子科技大學(xué)或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的任何貢獻(xiàn)均已在論文中做了明確的說明并表示了謝意。申請(qǐng)學(xué)位論文與資料若有不實(shí)之處，本人承擔(dān)一切相關(guān)責(zé)任。本人簽名：甄苛餒日期p口7多7關(guān)于論文使用授權(quán)的說

2、明本人完全了解西安電子科技大學(xué)有關(guān)保留和使用學(xué)位論文的規(guī)定，即：研究生在校攻讀學(xué)位期間論文工作的知識(shí)產(chǎn)權(quán)單位屬西安電子科技大學(xué)。本人保證畢業(yè)離校后，發(fā)表論文或使用論文工作成果時(shí)署名單位仍然為西安電子科技大學(xué)。學(xué)校有權(quán)保留送交論文的復(fù)印件，允許查閱和借閱論文；學(xué)?？梢怨颊撐牡娜炕虿糠謨?nèi)容，可以允許采用影印、縮印或其它復(fù)制手段保存論文。(保密的論文在解密后遵守此規(guī)定)本學(xué)位論文屬于保密在年解密后適用本授權(quán)書。本人簽名：張琦葭日期沙口羅孟

3、7新簽名：兩磁’日期硯‘，夕IN|摘要『lUlIIIII11IllIllIIflf＼1867230近年來，隨著生物測(cè)序技術(shù)的突飛猛進(jìn)，現(xiàn)代生物技術(shù)的研究取得了突破性的進(jìn)展，生物序列數(shù)據(jù)以前所未有的速度增長。人工分析和處理生物序列數(shù)據(jù)已無法滿足需要，如何分析和處理如此龐大的數(shù)據(jù)，以及理解這些生物數(shù)據(jù)所表示的生物意義，已經(jīng)成為當(dāng)前重要的研究任務(wù)。DNA序列中的模體發(fā)現(xiàn)是生物信息學(xué)中最基本的問題，它涉及到基因的發(fā)現(xiàn)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)、啟

4、動(dòng)子的發(fā)現(xiàn)等生物學(xué)問題。生命性狀由基因決定，當(dāng)前基因如何決定性狀的研究已從單個(gè)基因決定作用轉(zhuǎn)向多個(gè)基因的協(xié)同作用研究。DNA序列調(diào)控區(qū)的模體對(duì)DNA的轉(zhuǎn)錄翻譯起著重要作用，因此對(duì)調(diào)控區(qū)motif的分析具有重大意義和理論價(jià)值。同時(shí)，識(shí)別這些模體對(duì)基因組解碼也起到了非常重要的作用。目前，已經(jīng)有很多算法被用來解決模體發(fā)現(xiàn)問題，例如Gibbs采樣算法，MEME算法等。本文首先對(duì)模體發(fā)現(xiàn)算法中常用的模型進(jìn)行了分析，并且基于不同的模型對(duì)上述幾種傳統(tǒng)

5、的模體發(fā)現(xiàn)算法進(jìn)行了分析和研究。這些傳統(tǒng)的算法都假設(shè)模體內(nèi)部各個(gè)位置之間是相互獨(dú)立的。但是最近的生物實(shí)驗(yàn)證實(shí)，模體內(nèi)部各個(gè)位置之間并不是完全獨(dú)立的，有的模體的各個(gè)位置之間存在明顯的依賴性。這種依賴性應(yīng)該被用于模體識(shí)別以提高模體識(shí)別的精度。本文正是基于這種考慮，將模體內(nèi)部的依賴性引入得分函數(shù)中，基于Gibbs采樣算法提出了PIGS算法，進(jìn)行motif識(shí)別。同時(shí)改進(jìn)了Gibbs采樣算法的收斂條件和相移方法。在合成數(shù)據(jù)和真實(shí)數(shù)據(jù)上的實(shí)驗(yàn)結(jié)果表