海洋致病菌創(chuàng)傷弧菌的核酸適配體篩選,優(yōu)化與初步應(yīng)用.pdf_第1頁(yè)
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1、創(chuàng)傷弧菌(Vibrio vulnificus)是菌體短小,直桿狀或彎曲弧狀的革蘭陰性弧菌屬細(xì)菌,兼性厭氧,具有嗜鹽性。創(chuàng)傷弧菌是常見的海洋致病菌,常常寄生于軟體動(dòng)物和貝殼動(dòng)物,可通過(guò)進(jìn)食染毒食物或傷口接觸感染,病例多發(fā)生于臨海的國(guó)家和地區(qū)。創(chuàng)傷弧菌感染致死率高,引發(fā)的死亡占弧菌感染致死人數(shù)的82%。創(chuàng)傷弧菌的感染發(fā)展迅速,最快接觸后4小時(shí)即可出現(xiàn)癥狀,如果3天內(nèi)沒(méi)有得到抗生素治療,死亡率可達(dá)100%。中國(guó)現(xiàn)行的創(chuàng)傷弧菌檢測(cè)方法基于增菌培

2、養(yǎng),一般需要2-3天才能得到精確到種的結(jié)果。顯然,基于培養(yǎng)的檢測(cè)手段無(wú)法滿足快速檢測(cè)創(chuàng)傷弧菌的需求。因此發(fā)展一種快速、準(zhǔn)確的新檢測(cè)方法用于創(chuàng)傷弧菌的臨床診斷和食品安全監(jiān)控迫在眉睫。
  近年來(lái),研究者們開始嘗試將核酸適配體應(yīng)用于微生物檢驗(yàn)檢測(cè)領(lǐng)域。開發(fā)了許多基于核酸適配體的生物傳感器平臺(tái),在分析診斷、食品安全等領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。核酸適配體是單鏈的DNA或RNA,核苷酸單鏈構(gòu)象的多態(tài)性意味著即使長(zhǎng)度一致的核苷酸鏈也會(huì)具有不同的三級(jí)結(jié)

3、構(gòu),因此適配體也被稱為化學(xué)抗體。利用這一特性,通過(guò)SELEX(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment)技術(shù),將長(zhǎng)度相同,序列隨機(jī)排布的ssDNA或ssRNA文庫(kù)與靶細(xì)菌孵育,不斷富集、篩選和擴(kuò)增與靶細(xì)菌結(jié)合的序列,即可篩選得到與靶標(biāo)微生物特異性結(jié)合的核酸適配體。適配體可以批量合成,添加各種化學(xué)基團(tuán)修飾,與阻抗生物傳感器、流式細(xì)胞儀、膠體金檢測(cè)儀等生物傳感器聯(lián)用,

4、實(shí)現(xiàn)微生物的鑒別診斷。
  本研究通過(guò)以菌體為靶標(biāo)的SELEX技術(shù)篩選,獲得兩條與創(chuàng)傷弧菌特異性結(jié)合的核酸適配體,V8和V13。兩條核酸適配體的親和力均達(dá)到nM級(jí)別,去除引物區(qū)后,核酸適配體的隨機(jī)區(qū)域依舊保持了它們的高特異性和高親和力,在實(shí)際應(yīng)用中更短的核苷酸序列也意味著更低的生產(chǎn)成本。核酸適配體可以與處于不同生長(zhǎng)狀態(tài)的創(chuàng)傷弧菌結(jié)合:對(duì)數(shù)生長(zhǎng)早期、對(duì)數(shù)生長(zhǎng)晚期、靜止期和活的非可培養(yǎng)狀態(tài)下的創(chuàng)傷弧菌與核酸適配體孵育后均顯示了相似的熒

5、光信號(hào)。激光共聚焦顯微鏡觀察可以發(fā)現(xiàn),與其他種屬的細(xì)菌共同孵育,核酸適配體可以特異性地識(shí)別出創(chuàng)傷弧菌。此外,在處理過(guò)的血漿中和牡蠣浸出液中,V8依然能夠保持構(gòu)象穩(wěn)定,與創(chuàng)傷弧菌結(jié)合不受影響。核酸適配體不僅可以檢出創(chuàng)傷弧菌菌株ATCC27562,也可以檢出其他來(lái)源分離得到的創(chuàng)傷弧菌菌株。
  驗(yàn)證了流式細(xì)胞儀聯(lián)合核酸適配體V8直接對(duì)液體樣本進(jìn)行創(chuàng)傷弧菌檢測(cè)的可行性。該檢測(cè)方法檢測(cè)性能良好,理論檢測(cè)限為:29.7CFU/mL,可靠檢測(cè)

6、限為100CFU/mL。線性范圍為:500-500,000CFU/mL。用蛋白酶K作用創(chuàng)傷弧菌20min可得到細(xì)菌碎片,與核酸適配體V8結(jié)合后,熒光信號(hào)值比正常創(chuàng)傷弧菌高3倍,理論檢測(cè)限降至7.804CFU/mL,可靠檢測(cè)限為28CFU/mL。整個(gè)檢測(cè)過(guò)程縮短至1h以內(nèi),與基于培養(yǎng)的檢測(cè)方法相比顯著降低。
  綜上,通過(guò)以菌體為靶標(biāo)的SELEX技術(shù),篩選到了特異性強(qiáng),高親和力的創(chuàng)傷弧菌核酸適配體。核酸適配體與流式細(xì)胞技術(shù)結(jié)合,不但

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