1、在本文中，我們設(shè)計了～個普適的統(tǒng)計勢函數(shù)來評價蛋白質(zhì)局部結(jié)構(gòu)和局部序列之間的相關(guān)性。首先我們對天然蛋白中所有的五個殘基長度的片段進行分簇。這個分簇是基于殘基片段的構(gòu)象(局部結(jié)構(gòu)字母類型)，二級結(jié)構(gòu)類型及溶劑可接近性來進行的。然后對于每一個簇，可以統(tǒng)計得到其天然的氨基酸概率分布。根據(jù)這個氨基酸概率分布，我們可以得到給定結(jié)構(gòu)下其序列的統(tǒng)計勢。這個氨基酸概率分布，也可以通過使用數(shù)據(jù)集片段逐個匹配的方法來得到給定序列下其結(jié)構(gòu)的統(tǒng)計勢。同前人的局

2、部統(tǒng)計勢函數(shù)模型不同的是，我們整合考慮了局部環(huán)境，而且使用的是片段作為結(jié)構(gòu)單元而不是單個的殘基，這樣做的好處是不僅可以包含相鄰殘基的關(guān)聯(lián)性，還可以包含相鄰(重疊)片段之間構(gòu)象的強相關(guān)性。我們主要進行了片段threading，贗序列設(shè)計，局部結(jié)構(gòu)預(yù)測等測試。在這些測試中，我們的統(tǒng)計勢相對與現(xiàn)有的其他統(tǒng)計勢函數(shù)得到了相似甚至更好的性能。這也證明了整合考慮環(huán)境因素來獲得統(tǒng)計勢的優(yōu)越性，同時也說明這個統(tǒng)計勢在序列設(shè)計和結(jié)構(gòu)預(yù)測等方面是具有廣闊的

3、應(yīng)用前景的。 RNA結(jié)合蛋白(RNA-bindingproteins(RBPs))同RNA的結(jié)合在調(diào)節(jié)細胞的基本功能中起著重要作用。有一些計算方法通過使用一些序列或者結(jié)構(gòu)－生成的特征來預(yù)測RNA結(jié)合位點。為了得到更高的預(yù)測性能，需要對現(xiàn)今的預(yù)測方法有進一步的提高。我們也發(fā)現(xiàn)RNA結(jié)合位點和非RNA結(jié)合的結(jié)構(gòu)鄰居的氨基酸組成是不一樣的。結(jié)合這個結(jié)構(gòu)生成的特征以及進化和其他結(jié)構(gòu)信息后發(fā)展的預(yù)測RNA結(jié)合位點方法，同其他現(xiàn)有的方法相比