梨火疫病原菌核糖體基因結(jié)構(gòu)序列的特征研究及病菌的分子檢測(cè).pdf_第1頁(yè)
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1、梨火疫病菌(Erwinia amylovory)引起的梨火疫病是梨樹、蘋果樹等薔薇科植物上是最具毀滅性的病害之一,是我國(guó)重要的進(jìn)境檢疫對(duì)象。梨火疫病菌的長(zhǎng)距離傳播主要靠不同地區(qū)間繁殖材料和水果的調(diào)運(yùn)完成。因此,完善梨火疫病菌的檢測(cè)體系有助于控制梨火疫病在我國(guó)的傳播。 本研究利用細(xì)菌通用引物16SF/16SR擴(kuò)增出梨火疫病菌16s的1489bp核糖體基因片段,根據(jù)16S序列比對(duì),與GenBank中登記序號(hào)為AF141895.1的梨

2、火疫病菌16S序列有98%的相似性,即證明菌株的正確性。 利用細(xì)菌通用引物C1/C3擴(kuò)增23S序列,其長(zhǎng)度為2446bp。在23S、16s片段中設(shè)計(jì)引物23SL/16SL,ITS-S/ITS-R分別擴(kuò)增16S與23S間和ITS1序列,擴(kuò)增片段大小分別為1657bp、397bp,經(jīng)軟件編輯,梨火疫病菌核糖體基因全長(zhǎng)為5813 bp。其中ITS1為397bp,23S為2917bp,lTS2序列為88bp,5S為115bp,IGS為8

3、07bp,其中ITS1序列中含有一個(gè)tRNA-Glu。 利用DNAMan、DNAsist1.0、Primer5.0軟件,對(duì)23S、IGS堿基序列的酶切位點(diǎn)、ORF、motif結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步分析。利用軟件包EXPAsY將23S、IGS堿基序列推導(dǎo)為氨基酸序列后,對(duì)等電點(diǎn)、跨膜螺旋、疏水性等進(jìn)行計(jì)算、預(yù)測(cè);預(yù)測(cè)這些氨基酸序列二級(jí)結(jié)構(gòu),結(jié)果顯示梨火疫病菌的23S、IGS氨基酸二級(jí)結(jié)構(gòu)均有α螺旋,β折疊:據(jù)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的氨基酸二級(jí)結(jié)構(gòu)比對(duì)

4、結(jié)果表明,23S與編號(hào)為2EZU65的氨基酸相似性為33%,IGS與編號(hào)為2GMW66的氨基酸相似性為75%。 據(jù)23S、IGS序列設(shè)計(jì)的特異引物23SF/23SR、IGS-S/IGS-R,分別在梨火疫病菌中擴(kuò)增出166bp和1 54bp特異片段,檢測(cè)的靈敏度分別為10-6μg/mL和10-7μg/mL,量化為細(xì)菌個(gè)數(shù),23SF/23SR檢測(cè)靈敏度為3.4x102cfu/ml。 根據(jù)梨火疫病在中國(guó)的潛在預(yù)測(cè)分布,采集可能

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