1、日本乙型腦炎病毒(Japanese encephalitis virus，JEV)是一種蟲媒傳播性病毒，歸屬于黃病毒科(Flaviridae)黃病毒屬(Flavivitus)。乙腦病毒能夠在一個人畜共患的循環(huán)圈內傳播，涉及到豬，鷺科鳥類，庫蚊屬蚊子等。由乙型腦炎病毒引發(fā)的乙腦為自然疫源性的疾病，乙腦患者不能保持體內較高的病毒滴度，因此人常常出現(xiàn)急性的JEV感染，也通常是JEV的終末宿主。在乙型腦炎病毒的循環(huán)圈里，水禽為攜帶者，蚊子為其主

2、要的傳播媒介，豬為貯存宿主與增值宿主，給養(yǎng)豬業(yè)也帶來了巨大的經(jīng)濟損失。
　　 乙腦病毒全基因組測序分析可以直觀地了解JEV基因組整體信息與分子毒力特征，對乙腦的分子流行病學也具有直接意義。JEV的基因組為單股正鏈RNA，全長約為11 Kb。有一個Ⅰ型帽子結構(m7GpppAmp)存在于5'末端，3'末端多以CU-OH結尾，而沒有polyA尾巴。氨基酸位點96至10394為全基因組的單一開放性閱讀框，編碼一個包含有3432個氨基酸

3、殘基的多聚蛋白前體。共包括3個結構蛋白:核衣殼蛋白(C)、囊膜糖蛋白(E)、前膜蛋白(prM/M)，還有7個非結構蛋白:NS1，NS2a，NS2b，NS3，NS4a，NS4b，NS5。JEV基因組順序為:5'-C-PrM/M-E-NS1-NS2a-NS2b-NS3-NS4a-NS4b-NS5-3'，各基因區(qū)段間無重疊。目前，國內已完成全基因組測序的毒株約為130個，GenBank已公布全基因組序列的JEV毒株僅有63個，且多為人源和蚊源

4、分離株，國內豬源JEV報道較少，已知全基因組序列信息的豬源毒株僅有5個，更多的對豬源JEV全基因組的測序及分析，不僅豐富國內豬源JEV的相關信息，對了解豬群JEV的流行動態(tài)及分子毒力特征有直接意義。
　　 為了全面了解豬源JEV的全基因組結構，豐富豬源毒株的全基因組信息以及分子毒力特征，本研究首先測定了3個JEV豬源河南分離株BSEZZ-1、BSEZZ-3和CSEXZ-2D的全基因組序列，并對它們的核苷酸與氨基酸序列分別進行了遺

5、傳分析。結果表明，CSEXZ-2D全長為10976 nt，BSEZZ-1和BSEZZ-3全長均為10977 nt，在后兩個毒株基因組的10701nt位點處均有一個插入堿基“G”。BSF.ZZ-1與SA14-14-2的核苷酸同源性最高，為99.8％，氨基酸同源性為99.1％。CSEXZ-2D、BSF.ZZ-3與SA14-14-2核苷酸同源性均為99.7％，氨基酸同源性分別為99.2％和99.1％。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSE