LncRNA多態(tài)性與骨質(zhì)疏松的全基因組關(guān)聯(lián)研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、骨質(zhì)疏松癥(osteoporosis,OP)是一種常見的老齡病,由于骨密度和骨質(zhì)量下降、骨微結(jié)構(gòu)破壞、骨脆性增加而易于發(fā)生骨折的全身性骨骼疾病,已經(jīng)成為影響中老年人健康的重要的社會性問題。近年來,隨著世界人口老齡化進(jìn)程的加速,骨質(zhì)疏松癥的發(fā)病率也不斷上升,給世界各國社會帶來了壓力,也給國家財政帶來了負(fù)擔(dān)。長鏈非編碼RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs),是一類廣泛存在于生物基因組中的的非編碼RNA,轉(zhuǎn)錄本長于

2、200nt.,其功能多樣、作用機制復(fù)雜,在人類復(fù)雜疾病中遺傳機制還需要進(jìn)一步的研究。越來越多的研究表明lncRNAs在不同的細(xì)胞環(huán)境和各類疾病中扮演著重要的角色。本研究的目的是嘗試鑒定與骨密度(Bone mineral density,BMD)相關(guān)的lncRNA基因多態(tài)性,并探索候選lncRNA位點潛在的生物學(xué)功能。
  本研究從lncRNASNP數(shù)據(jù)庫中選擇了55906個lncSNPs,用meta7樣本作為發(fā)現(xiàn)樣本(n=1114

3、0),進(jìn)行腰椎(SPN)、髖關(guān)節(jié)(HIP)和股骨頸(FNK)骨密度表型的全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-wide association study,GWAS)和整合meta分析,再在骨質(zhì)疏松癥協(xié)會公布的骨密度樣本(GEFOS Sequencing,n=32965)中進(jìn)行驗證,嘗試鑒定與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)的lncRNA遺傳多態(tài)性。然后,將鑒定的多態(tài)性位點進(jìn)行Bonfferoni多重檢驗校正,顯著性的閾值為P<8.94×10-7。用RevMa

4、n繪制森林圖,Haploview進(jìn)行連鎖不平衡關(guān)聯(lián)分析。最后將通過統(tǒng)計檢驗得到的感興趣的候選lncRNA多態(tài)性位點進(jìn)行相關(guān)的功能預(yù)測。
  我們共鑒定了39個位于MEF2C-AS1(5q14.3)基因上的lncRNA單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位點與FNK-BMD表型相關(guān),而且這39個SNPs都通過Bonfferoni檢驗校正,其中,最顯著相關(guān)的SNP是rs6894139(

5、P=3.03×10-9),在GEFOS Sequencing中驗證P值為1.43×10-23。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)這39個SNP處于高度連鎖不平衡狀態(tài)(r2>0.80),一同位于MEF2C-AS1基因右側(cè)的一個約55 kb的連鎖不平衡區(qū)塊中。另外,發(fā)現(xiàn)LOC100506136(7q21.3)與HIP-BMD關(guān)聯(lián),其中最顯著的SNP是rs6465531(P=7.43×10-7)。
  研究結(jié)果表明MEF2C-AS1和LOC100506

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