1、水平基因轉移(horizontal gene transfer，HGT)，又稱橫向基因轉移、側向基因轉移(Lateral gene transfer，LGT)，是指在不同的生物個體之間或者細胞器(同一細胞內)之間的DNA片段的交流。水平基因轉移事件是一個重要的驅動力，促進微生物基因組進化的多樣性，呈現(xiàn)出深遠的影響。隨著可用基因組數(shù)據(jù)量的增加，我們越來越認識到水平基因轉移對生物基因組多樣化的重要性，水平基因轉移預測方法愈加顯得重要。而最早

2、的方法主要集中在簡單地確立水平基因轉移對基因組進化產生了重大影響，隨后方法的有效性與精確性為某些異?；驗樗睫D移基因提供了更大的信心。預測異?；驗樗睫D移而來的基因的方法逐漸形成兩類：系統(tǒng)發(fā)育方法與參數(shù)方法。系統(tǒng)發(fā)育方法研究各基因組之間基因的分布來檢測那些有明顯異常的模式。與此不同，參數(shù)方法也稱為基于組成特征的方法，檢驗單個基因組內基因的適當關系，以尋找在其組成特征上異常的基因。系統(tǒng)發(fā)育方法是耗時且不充分魯棒的，而參數(shù)方法可以在單個

3、基因組中進行，對所研究的基因組不需要其大量諸如直系同源序列配對的先驗知識，計算量小且具有很大的提升空間。本文是基于參數(shù)方法的研究。然而，在已有的特征方法中，主要存在兩個問題：一是以往方法都是針對整個基因組，這難免造成單一特征對整個基因組表達不精確，導致預測精度不高。
　　本文將基因組分成若干基因功能類，并按不同功能類選取不同特征以達到對基因組的精確表達，提高預測精度；另一個是通常只使用幾個基因組來檢驗預測方法的有效性，由于數(shù)據(jù)少導

4、致實驗方法并不一定具有普遍性，本文中我們選取了全部能找到的326個基因組用于實驗。我們發(fā)現(xiàn)水平基因轉移對基因組功能具有一定的偏好性，同一基因功能類可以找到一個對應的較優(yōu)特征進行有效表達，據(jù)此我們給出了每一個基因功能類的推薦特征表達，對其它原核生物基因組的水平轉移基因預測具有較強的指導意義。本文采用對基因組先按生物功能分類后水平轉移基因預測的方法，尤其是在論文最后，給出了每一功能類的推薦特征表達，這對數(shù)據(jù)量越來越大的基因組的水平基因轉移的