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文檔簡介
1、隨著微陣列技術(shù)的廣泛應(yīng)用,越來越多的基因表達(dá)數(shù)據(jù)被獲取,如何從海量的數(shù)據(jù)中提取有生物學(xué)意義的信息,是目前生物信息學(xué)的一個重點研究方向。功能相近的基因其表達(dá)模式相似,通過對相似表達(dá)模式的發(fā)現(xiàn)可推測未知基因的功能。通過研究表達(dá)數(shù)據(jù)得到基因的功能和調(diào)控關(guān)系,需要找到恰當(dāng)?shù)姆治龇椒ā1疚牟捎镁垲惣夹g(shù)對基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,介紹分析了常用于生物數(shù)據(jù)分析的聚類算法,其中K均值聚類、自組織特征映射網(wǎng)絡(luò)等各具特色。
本文在深入分析PSO算法基
2、本理論的基礎(chǔ)上,將PSO算法應(yīng)用到基因表達(dá)數(shù)據(jù)聚類分析領(lǐng)域中,并對PSO算法進(jìn)行改進(jìn)。為了避免算法早熟收斂,提出了一種自適應(yīng)擾動的PSO算法(ADPSO),以幫助停滯的粒子跳出局部最優(yōu),并將改進(jìn)后的算法與K-means算法相結(jié)合,提出了一種基于ADPSO-KM的基因表達(dá)數(shù)據(jù)聚類算法,該算法可有效結(jié)合K-means算法和PSO算法的優(yōu)點。
為了考察基于ADPSO-KM的基因表達(dá)數(shù)據(jù)聚類算法的收斂性能和優(yōu)化求解能力,驗證算法的優(yōu)越
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