1、視覺是動物獲取信息的重要感官，在高等動物中，視覺系統(tǒng)占據感覺系統(tǒng)的主導地位;哺乳動物依賴于視覺而獲得的信息占據了70-90％，地下嚙齒動物終生生活在無光的黑暗環(huán)境中，視覺出現退化，表現為眼球變小或者完全退化。棕色田鼠（Lasiopodomys mandarinus）是一種終生營地下生活的地下鼠，其近緣物種為布氏田鼠(Lasiopodomys brandtii)是一種主要以地面活動為主的地面鼠，兩者形態(tài)結構相似，視覺系統(tǒng)在應對黑暗環(huán)境方面

2、有明顯不同，使它們成為比較地下鼠視覺退化研究的理想對象。
　　本論文以棕色田鼠為主要研究對象，以布氏田鼠作為對照，通過對棕色田鼠的從頭測序(De Novo)數據與布氏田鼠全基因組重測序(Whole Genome Resequencing)數據的分析，整理得到316條視覺相關基因，并對其功能分類后得到:眼發(fā)育、感光、視網膜發(fā)育、晶狀體發(fā)育等相關的視覺基因。通過測序數據獲取視覺基因的編碼序列，對棕色田鼠與布氏田鼠中視覺基因的變異數目進

3、行了統(tǒng)計，然后利用編碼序列對其視覺系統(tǒng)存在的假基因化情況進行了研究。從NCBI上下載同源物種序列，構建系統(tǒng)發(fā)育樹，并對不同功能的視覺基因進行了選擇壓力分析。
　　主要結果如下:
　　1)對棕色田鼠與布氏田鼠視覺基因的突變情況進行了統(tǒng)計，發(fā)現棕色田鼠在眼發(fā)育與晶狀體發(fā)育的視覺基因的變異數量要大于布氏田鼠，表明這兩類基因對地下生活比較敏感。
　　2)對棕色田鼠與布氏田鼠中假基因情況進行了統(tǒng)計，發(fā)現棕色田鼠的基因組中存在一個

4、與眼發(fā)育相關的假基因FAT3。
　　3)棕色田鼠與布氏田鼠在眼結構發(fā)育相關基因方面，未檢測到正選擇作用，而在盲鼴形鼠與金毛鼴鼠中檢測到正選擇作用;棕色田鼠未能形成與地下鼠視覺相關的趨同進化，推測可能與其分化時間較短有關。
　　4)棕色田鼠與布氏田鼠在感光視覺基因方面，未檢測到正選擇作用，但暗視覺基因進化速率明顯加快，表睨棕色田鼠對黑暗環(huán)境產生了相應的適應性進化;棕色田鼠的顏色視覺基因受到凈化選擇的作用。
　　主要結論如