1、轉錄因子DNA結合譜是指轉錄因子能夠特異性識別并結合的所有DNA序列及其相對親合性。目前構建轉錄因子DNA體外結合譜主要依賴于蛋白結合微陣列(PBM)技術和指數配體進化-測序(SELEX-Seq)技術。其中，SELEX-Seq技術將SELEX實驗與高通量測序技術相結合，可獲得大量具有不同親和性的轉錄因子DNA結合序列。高通量測序結果的數據量大，數據處理過程繁瑣，對傳統(tǒng)生物實驗室產生一定的挑戰(zhàn)，因此有必要建立一套通用的SELEX-Seq數

2、據分析流程，使研究者依照流程快速地分析該類數據，構建轉錄因子DNA體外結合譜。
　　核因子κB(NF-κB)是與炎癥和腫瘤有關的重要轉錄因子，它的5個家族成員通過二聚化形成二聚體后與不同的DNA序列結合，調控基因的轉錄，因此NF-κB的DNA結合譜研究一直深受重視。受制于DNA結合譜構建技術的發(fā)展水平和NF-κB二聚體的多樣性，完整的高分辨率NF-κB DNA結合譜至今尚未建立。但是研究者已經使用不同的方法得到部分NF-κB二聚體

3、與DNA序列的結合親和性數據，將這些數據進行匯總處理，可得到較為全面的NF-κB DNA結合譜。
　　本論文通過分析實驗室已有的SELEX-Seq數據，建立一套通用的SELEX-Seq數據分析流程，主要包括以下步驟:
　　(1)測序數據初始分析;
　　(2)根據標簽序列分輪，獲取各輪經過篩選的序列;
　　(3)從長序列中提取轉錄因子結合位點長度的短序列;
　　(4)模體發(fā)現(xiàn):首先使用模體發(fā)現(xiàn)軟件發(fā)現(xiàn)各輪序列

4、模體，從模體總體特征分析序列富集特征及效果，之后計算模體富集倍數，獲取中間模體，最后將中間模體序列提交給模體發(fā)現(xiàn)軟件，獲得最終模體;
　　(5)計算序列富集倍數:首先使用馬爾科夫模型預測未篩選樣品中所有序列的出現(xiàn)頻數，以此計算各序列在每輪篩選后的富集倍數，獲取轉錄因子對各序列的相對結合親和性信息，最終以轉錄因子結合的序列信息及其相對結合親和性信息構成轉錄因子的DNA體外結合譜。通過該數據分析流程獲得p50同二聚體的DNA結合譜。<

5、br>　　本論文收集近幾年研究者使用凝膠遷移實驗技術(EMSA)、PBM及SELEX-Seq技術測量NF-κB二聚體與DNA序列的結合親和性數據，并進行歸一化、擬合處理，構建完整的NF-κB家族DNA結合譜。結合譜數據存儲于數據庫中，依托已有的網絡平臺為用戶提供DNA序列親和性的查詢功能。
　　通過對NF-κB DNA結合譜數據分析發(fā)現(xiàn):
　　(1) NF-κB二聚體結合DNA序列特征可分為三類，即RelA/c-Rel、p5

6、0/p52同二聚體以及各異二聚體;
　　(2)各二聚體結合的高親和性DNA序列具有相似特征，而二聚體對低親和性序列的結合具有偏好性;
　　(3)組成異二聚體的兩個單體在二聚體與DNA序列的識別和結合過程中發(fā)揮的作用并不完全相同。
　　綜上所述，本論文建立的SELEX-Seq數據分析流程，可用于其他轉錄因子的SELEX-Seq數據分析，方便研究者快速地建立轉錄因子DNA體外結合譜。通過數據收集、匯總和處理得到的NF-κB