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文檔簡(jiǎn)介
1、隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和千人基因組計(jì)劃的進(jìn)行,越來越多的個(gè)人基因組序列已經(jīng)被檢測(cè)出來,個(gè)人基因組的數(shù)據(jù)也在飛速增長,數(shù)據(jù)量非常龐大。如何完成對(duì)個(gè)人基因組數(shù)據(jù)的收集、存儲(chǔ)、分析、管理和發(fā)布成為重要課題。
本文細(xì)致地分析了個(gè)人基因組數(shù)據(jù)以及數(shù)據(jù)之間的關(guān)系,建立了一個(gè)統(tǒng)一的數(shù)據(jù)模型來描述個(gè)人基因組數(shù)據(jù)。由于各個(gè)實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生的個(gè)人基因組數(shù)據(jù)都有著自己的格式,針對(duì)個(gè)人基因組數(shù)據(jù)之間的異構(gòu)問題,我們以XML格式來表達(dá)個(gè)人基因組的一些注釋數(shù)
2、據(jù),解決了個(gè)人基因組數(shù)據(jù)的傳輸、發(fā)布以及整合的大部分問題。
本文參考了BioSeg序列模型建立了一個(gè)個(gè)人基因組序列模型來存儲(chǔ)個(gè)人基因組序列數(shù)據(jù),將序列數(shù)據(jù)分為描述部分和多維數(shù)組兩部分,描述部分表示生物序列注釋和其他相關(guān)信息,多維數(shù)組表示具體序列。該模型提供了實(shí)現(xiàn)生物序列數(shù)據(jù)查詢的代數(shù)操作,綜合其代數(shù)操作能夠?qū)崿F(xiàn)一系列的序列查詢問題,并討論了多維數(shù)組的存儲(chǔ)和管理,為實(shí)現(xiàn)新一代的數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)奠定基礎(chǔ)。
本文以數(shù)據(jù)倉庫的
3、思想,結(jié)合XML技術(shù)開發(fā)了一個(gè)個(gè)人基因組數(shù)據(jù)管理平臺(tái)。在互聯(lián)網(wǎng)上下載個(gè)人基因組數(shù)據(jù),預(yù)處理為統(tǒng)一的數(shù)據(jù)格式。結(jié)合關(guān)系數(shù)據(jù)庫(RDBMs)和Native XML數(shù)據(jù)庫(NXD)作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫,存儲(chǔ)和管理收集到的異構(gòu)個(gè)人基因組數(shù)據(jù)。該平臺(tái)可以完成個(gè)人基因組數(shù)據(jù)的提交、存儲(chǔ)、管理、分析和發(fā)布。并安裝UCSC Genome Browser鏡像做為后臺(tái)服務(wù)器,借助UCSC Genome Browser的強(qiáng)大功能,以圖示的方式直觀的顯示出個(gè)人基因組
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