1、所謂DNA計算，主要是通過DNA分子之間的特異性雜交來完成的。具體過程是將信息通過編碼形成DNA串進行輸入，并在試管內(nèi)經(jīng)過生物化學反應，這樣就能從反應后的溶液中得到需要的解。因此，編碼問題的研究是DNA計算的首要問題，它的好壞會關(guān)系到DNA計算得成功與否及DNA計算的效率。就目前來說，雖然DNA計算模型種類繁多，但是還沒有一種編碼能同時滿足不同模型的需要，因此就很需要借助現(xiàn)代技術(shù)手段，如計算機輔助生物軟件，從而最大限度保障實現(xiàn)的可能性。

2、
　　 雖然目前DNA計算中編碼問題的研究已取得了一些進展，可以在一定程度上克服生化反應中的不確定性，避免假陽性與假陰性解的出現(xiàn)，但是研究的深度和廣度都還有所欠缺。在理論研究的深度方面，所有的單獨約束條件下的碼的界的還沒有給出完整的具體的數(shù)值，比如A4(n，d)等，目前當n值較小時，可以得到一些碼的準確值，但當n值增大時，準確值的取值范圍迅速擴大，使得確定其具體的值變得困難。在理論研究的廣度方面，目前對組合約束下的碼的界的研究大

3、多數(shù)還停留在對下屆的提高上，即使當n值較小時，也沒給出具體的數(shù)值，只是給出一些粗糙的上、下界，并且對組合約束下的碼的界的理論研究也不全，很多組合條件的界目前還沒有深入研究，比如A4(n，d)+A4RC(n，d)+A4C(n，d)等，但是這些組合條件在實際中卻是必須被考慮進去的。
　　 本文是在充分掌握DNA分子結(jié)構(gòu)與性質(zhì)、DNA計算的生物機理和數(shù)學機理、DNA計算設(shè)計的生化實驗操作以及相關(guān)的生物酶的基礎(chǔ)上，充分利用DNA分子的生