利用基因網(wǎng)絡(luò)控制代謝產(chǎn)物產(chǎn)量的方法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、酵母細(xì)胞中的代謝通路是相互聯(lián)系又是相對獨(dú)立的整體,代謝通路之間具有協(xié)同關(guān)系?;蛱幱谶@些代謝模塊中,對模塊的運(yùn)行起著重要的作用??偟拇x模塊、子模塊及模塊內(nèi)某些特殊基因在表達(dá)水平上可能會有一些相關(guān)性,因此,研究代謝通路之間及基因與通路之間的關(guān)系,對我們獲得并提高某一特定代謝產(chǎn)物產(chǎn)量有重要的指導(dǎo)作用。
   大部分細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的表達(dá)水平與mRNA的量是一致的。因此,基于以上分析,本課題查閱了大量的網(wǎng)站信息,最后選取斯坦福大學(xué)數(shù)據(jù)庫

2、中的酵母芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行歸類整理,選取每張芯片中CH1(環(huán)境變化前mRNA的量)與CH2(環(huán)境變化后mRNA的量)的值,做成了一個小型的數(shù)據(jù)庫,以這個數(shù)據(jù)庫為分析基礎(chǔ),重點(diǎn)研究了酵母脂類代謝模塊,利用芯片數(shù)據(jù)分析了脂類模塊中對模塊的總基因表達(dá)量起主要作用的基因,建立了對模塊表達(dá)量起主要作用基因的生物信息分析方法。另一方面,利用ORIGIN作圖分析了脂類代謝13個子模塊中與模塊表達(dá)趨勢一致的基因,發(fā)現(xiàn)了YHR190W和YNR008W這兩個基因

3、與所在模塊表達(dá)具有一致性。這些都將為面向生產(chǎn)應(yīng)用的基因網(wǎng)絡(luò)改造工程提供重要的參考信息。
   本實(shí)驗(yàn)還對酵母細(xì)胞內(nèi)的β-氧化基因進(jìn)行了分析,初步構(gòu)建了代謝γ-癸內(nèi)酯的局部基因網(wǎng)絡(luò)。通過這個方法發(fā)現(xiàn)了與代謝γ-癸內(nèi)酯相關(guān)的潛在12個新基因,分別為ERG10、KGD1、LYS21、CIT2、ICL1、AAT1、DAL7、DAL3、ALT2、PCK1、PYC2和MAE1,對它們進(jìn)行分類后發(fā)現(xiàn)有的基因還存在于脂類代謝以外的其它代謝模塊,

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