1、目的:
　　綜合利用網絡生物學、生物信息學、化學信息學和文獻挖掘方法的網絡藥理學方法闡釋中藥方劑補腎活血方治療腎纖維化的作用機制，預測補腎活血方中發(fā)揮療效的活性成分，結果表明網絡藥理學是研究中藥作用機制和預測中藥活性成分的強力工具。
　　方法:
　　1、利用OMIM、GAD、GEO三個數據庫收集腎纖維化疾病相關的基因，將這些收集的基因映射到人類蛋白-蛋白相互作用數據庫，構建慢性腎病(CKD)相關PPI網絡。根據31個已

2、知腎纖維化藥物靶點構建EPPI網絡，同時執(zhí)行EPPI網絡與CKD相關PPI網絡的交集網絡(CPPI)，并分析其網絡特征。由此篩選得到CKD相關的潛在藥物靶點蛋白網絡;利用《中藥天然產物大全》和Reaxys數據庫查找補腎活血方中菟絲子、黃芪、莪術、丹參及大黃的植物化學成分。
　　2、用Autodock Vina對潛在藥物靶點和補腎活血方的植物化學成分進行分子對接。根據對接結果對網絡中的藥物進行進一步篩選。構建天然產物-靶點網絡、主成

3、分-靶點網絡和代表化合物-靶點網絡。分析這三個藥物-靶點網絡的網絡特征，并對其進行生物功能分析和文獻挖掘等，以此闡釋補腎活血方在網絡藥理學層面發(fā)揮治療腎纖維化作用的機制。
　　結果:
　　1、腎纖維化疾病相關的基因映射到人類蛋白質相互作用組得到CKD相關的PPI網絡包含1008個節(jié)點，包括486個孤立節(jié)點和存在于14個集群中的522個節(jié)點。EPPI網絡包含1239個節(jié)點。核心PPI網絡即CPPI網絡包含156個節(jié)點，2個集群

4、和6個孤立點。根據對CPPI網絡的拓撲學參數進行分析結果，選取排名前30％的包含31個已知靶點的節(jié)點作為潛在藥物靶點。最終，篩選出37個靶點蛋白用于天然產物和藥物靶點的分子對接;從《中藥天然產物大全》和Reaxys數據庫一共得到有774個分子。其中458個化合物來自黃芪，118個化合物來自大黃，74個化合物來自菟絲子，108個化合物來自丹參，還有48個化合物來自莪術。其中共有32個分子同時存在于兩味或多味藥中。
　　2、根據對接結

5、果對化合物進行進一步篩選得到366個化合物，在網絡中與37個靶點蛋白構成1192個邊。天然產物-靶點網絡中五味草藥均參與了CKD的多種生物過程的調節(jié)。通過對主成分-靶點網絡的分析得出補腎活血方主成分通過多成分、多通道調節(jié)細胞外基質的異常積累，炎癥細胞因子的釋放和凝血與纖溶的平衡來發(fā)揮治療效果。對代表化合物-靶點網絡的分析結果顯示五個分子可以調節(jié)凝血和纖維蛋白溶解、ECM累積及炎癥因子的釋放，發(fā)揮著主要的治療效果。具體地，補腎活血方中黃芪

6、，菟絲子和莪術的有效成分通過作用于MCP-1和IL-8從不同的生物途徑共同調節(jié)TGF-beta/smad信號轉導通路，并保持細胞外基質的積聚和降解的平衡。丹參的有效成分通過下調Smad信號通路阻斷TGF-β的促纖維化活動。大黃可以通過明顯地抑制單胺氧化酶B減少膠原蛋白的形成。
　　結論:
　　補腎活血方通過多途徑的網絡調節(jié)顯示出對腎纖維化的治療效果，如調節(jié)凝血與纖溶的平衡和炎癥因子的表達、抑制ECM的異常積累。補腎活血方恢復