1、S c h o o l c o d e ：S t u d e n t c o d e ：F u d a n U n i v e r s i t yD o c t o r a l D i s s e r t a t i o n1 0 2 4 60 6 1 0 2 3 0 8 5M o l e c u l a r M e c h a n i s m s U n d e r l y i n g P h e n o t y p i c a l

2、l y P l a s t i cV a r i a t i o na n d A d a p t a t i o n i n A l t e r n a n t h e r a p h i l o x e r o i d e sS c h o o l ：S u b j e c t ：N a m e ：S c h o o lo f L i f eS c i e n c e sB o t a n yL e x u a n G a oS u

3、 p e r v i s o r ：P r o f e s s o r J iY a n gD a t e ： M a y 2 3 ，2 0 1 2復(fù)旦大學(xué)博士學(xué)位論文3 ．1 ．4d e l ' l O V O 組裝??????????????????????????．．3 93 ．1 ．5 C D S 區(qū)域和蛋白序列的獲得???????????????．4 03 ．1 ．6 U n i g e n e 功能注釋和分類????

4、?????????????4 03 ．2 結(jié)果?????????????????????????????????????4 03 ．2 ．1 測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計和測序質(zhì)量分析??????????????4 03 ．2 ．2 U n i g e n e 功能注釋????????????????????4 33 ．2 ．3 G O 功能分類??????????????????????4 93 ．2 ．4 K E G G 通路分析?????????

5、???????????．5 33 ．3 討論???????????????????????????????????．．6 2第四章不同水分條件下喜旱蓮子草基因差異表達(dá)式樣分析????????6 34 ．1 材料和方法?????????????????????????6 34 ．1 ．1 植物材料???????????????????????6 34 ．1 ．2R N A 提取????????????????????????????．6

6、34 ．1 ．3c D N A 文庫構(gòu)建和高通量測序??????????????．．6 44 ．1 ．4 數(shù)字化基因表達(dá)譜和差異表達(dá)基因篩選??????????6 44 ．1 ．5 差異表達(dá)基因的功能預(yù)測????????????????6 54 ．1 ．6 基因差異表達(dá)模式聚類分析???????????????6 54 ．1 ．7 差異表達(dá)基因G O 功能富集分析?????????????．6 54 ．2 結(jié)果?????????????

7、????????????????????????6 64 ．2 ．1 不同水分條件下不同組織器官基因差異表達(dá)式樣分析????6 64 ．2 ．2 水分處理不同時間點(diǎn)莖基因表達(dá)式樣的動態(tài)變化??????6 94 ．3 討論????????????????????????????????????．1 1 6第五章喜旱蓮子草基因組甲基化譜在不同生境中的動態(tài)變化??????．．1 2 35 ．1 材料和方法???????????????????

8、?????．1 2 35 ．1 ．1 野外樣品采集????????????????????一1 2 35 ．1 ．2 同質(zhì)園移栽實(shí)驗(yàn)???????????????????一1 2 35 ．1 ．3 甲基化敏感擴(kuò)增片段長度多態(tài)性( M S A P ) 分析??????1 2 35 ．1 ．4 數(shù)據(jù)分析??????????????????????一1 2 75 ．2 結(jié)果???????????????????????????????????