1、藥物分子設(shè)計(jì)(包括計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)和分子模擬)已作為一種實(shí)用化的工具介入到了藥物研究的各種環(huán)節(jié)。化學(xué)數(shù)據(jù)庫是進(jìn)行計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)的重要資源,通過分析已知配體與受體相互作用點(diǎn)的相關(guān)特征進(jìn)行數(shù)據(jù)庫檢索,通常為新藥設(shè)計(jì)的入手點(diǎn)。分子路徑(Molecular Path)的檢索可以較為快速準(zhǔn)確的找到有效的藥物分子。
　　 分子動力學(xué)模擬是一件非常耗時的工作,它需要強(qiáng)大的計(jì)算能力來保證模擬的進(jìn)行。鑒于并行化集群和GPU計(jì)算能力強(qiáng)

2、大以及易于集成的特點(diǎn),許多研究者正在使用集群和GPU來加速分子動力學(xué)應(yīng)用。
　　 本論文在藥物分子的數(shù)據(jù)庫檢索、分子動力學(xué)模擬的加速上做了初步研究。具體來講,論文的工作包括以下幾個方面:
　　 第一、綜述了藥物發(fā)現(xiàn)、計(jì)算機(jī)輔助藥物分子設(shè)計(jì)、化學(xué)數(shù)據(jù)庫、化學(xué)結(jié)構(gòu)檢索、NKChemSQL、分子動力學(xué)模擬、并行計(jì)算以及GPU的基本概況。
　　 第二、以INNO-406配體為檢索對象,對歐洲生物信息研究所(EBI)開發(fā)和

3、維護(hù)的MSDSite數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了基于多原子、多子結(jié)構(gòu)和分子路徑的檢索,并對檢索結(jié)果進(jìn)行了對比和分析。
　　 第三、搭建了并行化的集群服務(wù)器平臺和高性能計(jì)算的GPU計(jì)算平臺,分別安裝了并行化的分子動力學(xué)模擬軟件NAMD、Gromacs、AMBER等；
　　 第四、對1IEP蛋白質(zhì)在單機(jī)、并行集群和GPU三種平臺上用NAMD分子動力學(xué)軟件進(jìn)行了lns分子動力學(xué)模擬,對三種模擬的時間進(jìn)行了對比,驗(yàn)證了并行集群和GPU平臺的并行