1、本文的主要工作是通過研究序列比對算法，實現(xiàn)一個cDNA/mRNA序列與DNA序列的跨物種比對軟件XAT(cross-AlignmentTool)。本文主要借鑒了blastz軟件的跨物種方法和sim4軟件的intron與exon的邊界確定方法。本文實現(xiàn)的方法允許多條cDNA/mRNA序列與整個基因組的比對，同時給出結(jié)果的統(tǒng)計值，另外，XAT軟件通過設(shè)定配置文件，增加了用戶的使用方便性和靈活性，XAT軟件用C語言編寫，容易移植?！　”疚氖?/p>

2、先介紹了序列比對的概念、數(shù)學模型和一些通用的算法，主要闡述了一些已有的序列比對的算法和相應(yīng)的軟件。　　針對本文實現(xiàn)的XAT軟件，介紹了它的意義，詳細介紹了它的實現(xiàn)算法，并用C語言實現(xiàn)了XAT軟件，并介紹了XAT軟件的界面、配置文件和它的輸出結(jié)果的一些格式?！　”疚牡闹攸c是如何實現(xiàn)cDNA/mRNA序列與整個基因組序列的比對，如何提高它的速度，如何實現(xiàn)它的跨物種特性和如何判定intron與exon的邊界，如何對于它的結(jié)果進行統(tǒng)計上的描