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文檔簡介
1、研究目的
探索血液系統(tǒng)腫瘤細胞系中生物鐘基因Bmal1及Per2在轉(zhuǎn)錄水平上的表達情況,明確體外培養(yǎng)條件下的血液系統(tǒng)腫瘤細胞系中是否存在生物鐘基因轉(zhuǎn)錄水平上的晝夜波動,并對其轉(zhuǎn)錄水平變化進行以時間為變量的余弦函數(shù)擬合,以預(yù)測體外培養(yǎng)條件下生物鐘基因轉(zhuǎn)錄的高峰和低谷時段,為進一步研究血液系統(tǒng)腫瘤發(fā)生、發(fā)展與鐘基因的關(guān)系提供理論基礎(chǔ)。
研究對象和方法
1研究對象
1)人伯基特淋巴瘤Raji細胞系;2)
2、人皮膚T細胞淋巴瘤Hut-78細胞系;3)彌漫大B細胞淋巴瘤OCI-LY8細胞系;4)髓系白血病HL-60細胞系。
2方法
2.1細胞培養(yǎng)
四種細胞系分別接種于含10%胎牛血清的RIPA1640培養(yǎng)基,并在C02、37℃培養(yǎng)箱中常規(guī)培養(yǎng),間隔2-3天換液。
2.2生物鐘基因節(jié)律表達的同步誘導(dǎo)
細胞生長穩(wěn)定時(對數(shù)期內(nèi))更換含0.5%胎牛血清的RIPA1640培養(yǎng)基進行饑餓培養(yǎng)2天,饑餓培
3、養(yǎng)后更換培養(yǎng)基為50%胎牛血清的PIRA1640培養(yǎng)基培養(yǎng)進行血清休克誘導(dǎo)同步節(jié)律的產(chǎn)生,并將此時刻時間記為ZT0,2小時后更換無血清培養(yǎng)基。按照時間順序,將ZT0時刻后4小時計為ZT4,8小時后計為ZT8,以此類推。
2.3測定mRNA含量
在ZT(0、4、8、12、16、20、24)時刻分別使用Trizol提取不同細胞系的總RNA,檢測RNA純度和完整性;使用逆轉(zhuǎn)錄試劑盒合成cDNA;應(yīng)用Real-timePCR
4、定量測定Per2、Bmal1mRNA的表達。
2.4統(tǒng)計學(xué)分析
將目的基因的Ct值與內(nèi)參基因Ct值的差值△Ct作為基因的相對表達水平。對同種細胞同種基因在不同時間點的△Ct值進行正態(tài)性及方差齊性檢驗,對符合條件的數(shù)據(jù)進行單因素方差分析,數(shù)據(jù)采用Mean±SD表示,P<0.05為差異具有顯著性。通過方差分析判定差異有顯著性的基因則進行余弦節(jié)律擬合。應(yīng)用余弦分析軟件和CronoLab軟件獲取節(jié)律性參數(shù),用于擬合的余弦函數(shù)
5、方程為F(t)=M+Acos(ωt+φ)其中M為中值;A為節(jié)律震蕩的振幅;φ為峰值相位,是震蕩達到峰值的時刻所換算出的角度,根據(jù)ω角度(360°/24h)可將其換算成ZT時點
結(jié)果
1.血清休克法節(jié)律誘導(dǎo)的Raji細胞中生物鐘基因Bmal1在一天內(nèi)不同時間點的表達差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.01),認為無法通過血清休克法誘導(dǎo)Raji細胞內(nèi)Bmal1基因的節(jié)律性表達;血清休克法可誘導(dǎo)的OCI-LY8、Hut-78、HL-
6、60細胞中生物鐘基因Bmal1與Per2及Raji細胞中生物鐘基因Per2在一天內(nèi)不同時間點mRNA轉(zhuǎn)錄水平存在晝夜節(jié)律性,且這種細胞內(nèi)生物鐘基因表達的節(jié)律性可用余弦函數(shù)來進行的大致描述;
2.應(yīng)用余弦分析軟件及CronoLab軟件進行余弦方程擬合,將同種細胞同種基因轉(zhuǎn)錄mRNA的量在一天內(nèi)的相對變化情況擬合為以時間t(小時)為變量的余弦函數(shù),可得余弦方程為:OCI-LY8細胞轉(zhuǎn)錄Bmal1可擬合為F(t)=13.9+5.4c
7、os(15t),轉(zhuǎn)錄Per2可擬合為F(t)=9.6+4.1cos(22.5t+90);Hut-78細胞轉(zhuǎn)錄Bmal1可擬合為F(t)=10.6+6.0cos(45t+180),轉(zhuǎn)錄Per2可擬合為F(t)=7.5+5.0cos(15t+180);HL-60細胞轉(zhuǎn)錄Bmal1可擬合為F(t)=18.9+3.5cos(22.5t+180),轉(zhuǎn)錄Per2可擬合為F(t)=7.0+3.6coS(15t+240);Raji細胞轉(zhuǎn)錄Per2可擬合
8、為F(t)=9.6+3.6cos(15t+180);
3.通過余弦函數(shù)可知OCI-LY8的Bmal1基因轉(zhuǎn)錄水平大致以24小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT0和ZT12,Per2基因的轉(zhuǎn)錄水平大致以16小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT12和ZT4;Hut-78細胞的Bmal1基因轉(zhuǎn)錄水平大致以8小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT4和ZT8,Per2基因的轉(zhuǎn)錄水平大致以24小時為波動周
9、期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT12和ZT0;HL-60細胞Bmal1基因的轉(zhuǎn)錄水平大致以16小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT0和ZT8,Per2基因的轉(zhuǎn)錄水平大致以24小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT8和ZT20;Raji細胞Per2基因的轉(zhuǎn)錄水平大致以24小時為波動周期,其峰值時段和谷值時段分別位于ZT12和ZT0;
結(jié)論
1.體外培養(yǎng)條件下可通過血清休克法誘導(dǎo)生物鐘基因Bma
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