1、自然與人為因素產(chǎn)生的脅迫限制了草原植物的正常生長發(fā)育，是草地管理、農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)、環(huán)境凈化與改善中面臨的一項(xiàng)重要問題。由于氣候變化和頻繁的人為活動(dòng)，草原的過度利用、荒漠化、鹽堿化等會(huì)造成草地生產(chǎn)力下降，打破生態(tài)平衡，嚴(yán)重影響人類生存與發(fā)展。歐亞溫帶草原東緣優(yōu)勢植物羊草具有耐寒、耐旱、耐刈、耐鹽堿等優(yōu)良的抗逆性狀，對(duì)自然環(huán)境的改善具有重要的作用。本研究將羊草在刈割、干旱、低溫、鹽堿這四種逆境脅迫中不同脅迫時(shí)間或脅迫強(qiáng)度下進(jìn)行試驗(yàn)處理與取樣，經(jīng)

2、過轉(zhuǎn)錄組測序、數(shù)據(jù)組裝、基因注釋、差異基因篩選、功能與代謝通路富集、梯度處理差異基因聚類，各脅迫轉(zhuǎn)錄結(jié)果關(guān)聯(lián)分析，以期從每個(gè)脅迫、不同的脅迫程度、四種脅迫相互之間這三個(gè)角度，探究羊草的轉(zhuǎn)錄表達(dá)狀況與相關(guān)的生物過程，為揭示羊草響應(yīng)逆境處理的分子機(jī)制提供理論基礎(chǔ)。主要有以下結(jié)論:
　　(1)羊草刈割脅迫轉(zhuǎn)錄組共有139，767，803條原始讀長(raw reads)，大小為41.94Gb。經(jīng)過過濾、質(zhì)控與從頭組裝后，總共得到轉(zhuǎn)錄本27

3、0，207條，總長度為191.6Mb，N50為1，075bp，找到簡單重復(fù)序列(SSR)31，128條。得到與刈割脅迫有關(guān)的差異基因2，579條，將其定位到損傷應(yīng)答、過氧化氫分解、脫落酸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、茉莉酸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等功能與代謝通路。與刈割強(qiáng)度有關(guān)的差異基因主要與光合作用、過氧化物酶活性等有關(guān)。
　　(2)干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組共有136，623，496條raw reads，大小為40.99Gb。經(jīng)過生物信息學(xué)分析，總共得到426.8Mb的轉(zhuǎn)錄

4、本416，067條，N50為1，468bp。得到與干旱脅迫有關(guān)的差異基因634個(gè)，將其定位到了膜系統(tǒng)、蛋白磷酸化、光能捕獲，葉綠素結(jié)合等功能與代謝通路。與干旱處理時(shí)間有關(guān)的差異基因主要與水楊酸反應(yīng)、脫落酸生物合成有關(guān)。
　　(3)低溫脅迫轉(zhuǎn)錄組共有136，720，108條raw reads，大小為41.00Gb。經(jīng)過生物信息學(xué)分析，總共得到395Mb的轉(zhuǎn)錄本376，282條，N50為1，492bp。得到與低溫脅迫有關(guān)的差異基因4，

5、599個(gè)，將其定位到了低溫響應(yīng)、細(xì)胞分裂素反應(yīng)、水通道活動(dòng)、生長素活性信號(hào)通路等功能與代謝通路。與低溫處理時(shí)間有關(guān)的差異基因主要與超氧化物歧化酶活性、光合作用等有關(guān)。
　　(4)鹽堿脅迫轉(zhuǎn)錄組共有141，490，992條raw reads，大小為42.44Gb。經(jīng)過生物信息學(xué)分析，總共得到437.8Mb的轉(zhuǎn)錄本443，167條，N50為1，439bp。得到與鹽堿脅迫有關(guān)的差異基因793個(gè)，將其定位到了脫落酸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞內(nèi)pH調(diào)節(jié)

6、、銅離子運(yùn)輸、細(xì)胞分裂素分解等功能與代謝通路。與鹽堿處理時(shí)間有關(guān)的差異基因主要與金屬離子運(yùn)輸、光合作用等有關(guān)。
　　(5)多種脅迫轉(zhuǎn)錄組統(tǒng)一組裝，共獲得了550.2Mb，N50為1，271bp的轉(zhuǎn)錄本686，022條。經(jīng)過蛋白編碼框預(yù)測與序列注釋，得到有注釋結(jié)果的Unigene48，097條。經(jīng)過對(duì)各脅迫轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的關(guān)聯(lián)分析，得到了各脅迫之間共有的基因與生物過程，其中包含有光合作用光能捕獲、葉綠素結(jié)合、類黃酮生物合成過程、淀粉與蔗