1、巨蚓科（Megascolecidae）是陸棲蚯蚓中最大的類(lèi)群，由于巨蚓科蚯蚓分類(lèi)的復(fù)雜性，在其分類(lèi)系統(tǒng)、屬級(jí)單元及物種類(lèi)群的相互關(guān)系和單系性等方面一直有較多爭(zhēng)議。線粒體基因組研究已成為分子進(jìn)化領(lǐng)域的熱點(diǎn)。基于線粒體基因組水平的系統(tǒng)發(fā)育分析能在很大程度上減少單基因過(guò)高或過(guò)低的保守性以及較短基因片段易出現(xiàn)隨機(jī)錯(cuò)誤等引起的分析誤差。然而相對(duì)于其他動(dòng)物類(lèi)群的線粒體基因組學(xué)研究，蚯蚓這一非常重要的土壤動(dòng)物類(lèi)群，其線粒體基因組的研究卻很有限，目前僅

2、有三種蚯蚓的線粒體基因組被測(cè)定。本研究首次對(duì)中國(guó)巨蚓科蚯蚓線粒體基因組進(jìn)行了較大規(guī)模的測(cè)序，測(cè)定了20種巨蚓科物種，以及一種鏈胃蚓科蚯蚓（日本杜拉蚓）的線粒體基因組序列。利用比較基因組學(xué)和生物信息學(xué)等手段,在線粒體基因組水平上分析了巨蚓科線粒體基因組的特征與進(jìn)化；并以線粒體基因組序列為基礎(chǔ)開(kāi)展系統(tǒng)發(fā)育分析，重建巨蚓科蚯蚓的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，主要研究結(jié)果如下：
　　(1)蚯蚓線粒體基因組的特征比較保守：全部基因都由同一鏈編碼，基因順序相

3、同，所有的蛋白編碼基因起始密碼子相同。
　　(2)日本杜拉蚓的線粒體基因組與其他蚯蚓相比，AT含量最高，堿基組成偏向性（AT/GC-skew）顛倒，遺傳差異最大。
　　(3)蛋白編碼基因的遺傳距離與進(jìn)化速率最大的和最小的基因分別為ATP8與CO1。蚯蚓線粒體COX系列基因與CYTB基因較保守，而NADH和ATP系列基因進(jìn)化速率相對(duì)較快。
　　(4)在長(zhǎng)管遠(yuǎn)盲蚓中檢測(cè)到一個(gè)額外縮短的Leucine(CUN)tRNA。不同

4、物種的22個(gè)tRNA表現(xiàn)出多變的替換模式。
　　(5)無(wú)論分區(qū)與否，單獨(dú)的PCG數(shù)據(jù)集并不能得到穩(wěn)定的進(jìn)化樹(shù)。這提示蛋白編碼基因可能不足以代表整個(gè)線粒體基因組的系統(tǒng)發(fā)育信息。
　　(6)加入rRNA后，對(duì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的穩(wěn)定和支持率的提升有明顯作用。表明線粒體基因組系統(tǒng)發(fā)育研究中不應(yīng)舍棄rRNA。
　　(7) PartitionFinder軟件在數(shù)據(jù)分區(qū)及模型優(yōu)化上能更好的體現(xiàn)生物學(xué)意義，利用PartitionFinder分