1、Agouti基因在畜禽的毛色合成過程中扮演著重要的角色。本文首先采用生物信息學分析方法，對來自15個物種的71條Agouti基因完整編碼序列(CDS)進行遺傳多樣性分析、雞Agouti基因啟動子預測;然后，采用PCR擴增產物直接測序的方法，分別對Agouti基因3'UTR（太行雞麻羽、黑羽、白羽，羅曼雞，海蘭褐雞）和外顯子4（太行雞、靈山雞×太行雞）單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)篩

2、查和遺傳多樣性分析，并采用SNPs基因型頻率和單倍型等位基因頻率相結合的方法，分析Agouti基因SNPs與雞羽色、體尺指標、屠宰性能的相關關系。其目的就在于探討Agouti基因的種間變異特征，預測雞Agouti基因啟動子;另一方面篩查雞Agouti基因變異，研究其在不同羽色雞群體中的多態(tài)性以及與生產性能的相關性，從而為雞Agouti基因遺傳多樣性，太行雞新品種的選育提供參考依據。
　　 生物信息分析結果顯示:物種間Agouti

3、基因平均凈遺傳距離(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)分別為0.2256和0.2145。Agouti基因在拉布拉多白足鼠（Peromyscus maniculatus）和羊駝(Lama pacos)中具有最大的遺傳多樣性。通過比較平均凈遺傳距離(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)可知，哺乳動物與斑馬魚的親緣關系比鳥類與斑馬魚的更近。雞Agouti基因啟動子預測的區(qū)域位于起始密碼子上游2600bp-3000bp之間。
　　 雞Agouti

4、基因3'UTR共發(fā)現9個變異位點(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T、g.1554798A＞G、g.1554806C＞A、g.1554712T＞C和g.1554767C＞G），其中兩個太行雞個體中新發(fā)現的位點(g.1554712T＞C和g.1554767C＞G)為稀有突變。太行雞麻羽和白羽個體的多態(tài)位點均處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)，但是黑羽個體除

5、了位點g.1554806C＞A外g為不平衡狀態(tài)。分析9個變異位點共得到6種單倍型，其中單倍型HAP1(AACATGATC)和HAP2(CCTGCAATC)為兩種主要的單倍型，其他單倍型均是以上兩種單倍型分化而成。分析顯示，有6個變異位點(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T和g.1554798A＞G)處于完全連鎖狀態(tài)，命名為“位點2”。變異位點基

6、因型頻率比較發(fā)現，不同羽色太行雞間無顯著差異(p＞0.05);在位點2上，太行雞、羅曼雞和海藍褐雞之間存在顯著性差異(p＜0.01);在位點1(g.1554806C＞A)上，太行雞黑羽和麻羽個體與羅曼雞、海藍褐雞之間存在顯著性差異(p＜0.05)。相關性分析結果顯示，位點2與活體重和體尺（體斜長、脛長、骨盆寬、胸角、龍骨長和脛圍）之間存在顯著相關，與屠宰性能（胸肌率和翅膀率）也存在顯著相關關系。
　　 太行雞(F0)和雜交一代（

7、F1，靈山雞×太行雞）Agouti基因外顯子4測序分析發(fā)現，F0中發(fā)現了10個變異位點，F1中發(fā)現了8個變異位點。在F0中除了位點g.1554779T＞G外所有位點均未處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)，F1中所有多態(tài)位點處于哈代-溫伯格平衡狀態(tài)。在混合群體中共發(fā)現了兩個連鎖位點(g.1554892G＞A和g.1554994T＞G)。對7個主要多態(tài)位點分析，共得到了7中單倍型，其中Hap5(TCATGTT)和Hap7(TTGCAGG)為兩種主要單