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文檔簡(jiǎn)介
1、玉米是我國(guó)重要的糧食作物、飼料作物和工業(yè)原料。病害的發(fā)生給我國(guó)玉米生產(chǎn)造成了嚴(yán)重?fù)p失,其中粗縮病可導(dǎo)致玉米嚴(yán)重減產(chǎn),甚至絕產(chǎn),是玉米上危害最嚴(yán)重的病害之一。引起我國(guó)玉米粗縮病的主要是呼腸孤病毒科(Reoviridae)斐濟(jì)病毒屬(Fijivirus)的水稻黑條矮縮病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)。RBSDV的病原特征、傳播途徑等生物學(xué)特性和基因結(jié)構(gòu)以及功能解析已有所研究,但其分子變異、進(jìn)
2、化機(jī)制和致病機(jī)理還不十分清楚。由于田間寄主植物和傳毒昆蟲(chóng)的發(fā)生數(shù)量、帶毒率與玉米粗縮病的發(fā)生密切相關(guān),了解RBSDV田間寄主,及時(shí)檢測(cè)傳毒介體灰飛虱的帶毒率,對(duì)于制定玉米粗縮病的防控措施具有重要意義;明確影響RBSDV進(jìn)化的因素,了解病毒在自然條件下的進(jìn)化趨勢(shì),研究病毒與寄主間的互作,可為抗病品種選育及病毒病的可持續(xù)控制提供理論指導(dǎo)。
本研究建立并優(yōu)化了RBSDV的檢測(cè)體系,明確了RBSDV的田間寄主,測(cè)定了RBSDV重排體S
3、DZZ10的全基因組序列,從山東玉米上檢測(cè)到南方水稻黑條矮縮病毒(Southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV),分析了RBSDV的群體遺傳結(jié)構(gòu),并鑒定了玉米中與RBSDVP8互作的蛋白。具體結(jié)果如下:
1、針對(duì)RBSDV的S10片段設(shè)計(jì)了4對(duì)引物,通過(guò)比較不同的Mg2+濃度、TaqDNA聚合酶用量、退火溫度、檢測(cè)引物建立了最佳RT-PCR檢測(cè)體系:10×PCRbuffer2.
4、5μL,25mMMgCl21.5μL,dNTP(each2.5mM)2.0μL,檢測(cè)引物F4(5'-AGYGAAGAATTTGTAGGTGTG-3')和R4(5'-GTTTCAACAAATGACGCTAC-3')(10μM)各1.0μL,5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL,模板RNA5.0μL,加11.8μL水將體系補(bǔ)至25μL。利用這一體系可以從單頭灰飛虱和30ng玉米樣品提取的總RNA中檢測(cè)到病毒的存在,同時(shí)從禾本科的牛筋草(E
5、leusine indica)、野燕麥(Avena fatua)、馬唐(Digitaria sanguinalis)、稗草(Echinochloa crusgalli)、狗尾草(Setaria viridis)、狗牙根(Cynodon dactylon),菊科苣荬菜(Sonchus brachyotus)、醴腸(Eclipta prostrata),莧科的反枝莧(Amaranthus retroflexus)等均檢測(cè)到RBSDV,首次發(fā)
6、現(xiàn)雙子葉植物苣荬菜、反枝莧也是RBSDV的自然寄主。
2、測(cè)定了RBSDV分離物SDZZ10所有可讀框(ORF)的序列,與已知的2個(gè)RBSDV分離物Hbm和Zir全基因組序列比較,SDZZ10的大多數(shù)ORF與Hbm相應(yīng)ORF的核苷酸序列一致率更高,其蛋白與Hbm相應(yīng)蛋白的氨基酸一致率也更高,但SDZZ10的ORF3,ORF4,ORF9-2和ORF10與Zir相應(yīng)ORF的核苷酸一致率更高,P4,P9-1和P9-2與Zjr相應(yīng)蛋白
7、的氨基酸一致率更高。在ORF8和ORF10的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)中,SDZZ10分別屬于不同的組,說(shuō)明SDZZ10是一個(gè)自然發(fā)生的重排體。
3、測(cè)定了南方水稻黑條矮縮病毒(SRBSDV)分離物JNi4的S7-S10基因序列。JNi4的S7到S10和RBSDV相應(yīng)片段的核苷酸一致率分別為72.6-73.1%,72.3-73%,73.9-74.5%和77.3-79%,與SRBSDVHN和GD分離物相應(yīng)片段的一致率為99.7%,99.1%-9
8、9.7%,98.9%-99.5%和98.6%-99.2%。JNi4在根據(jù)S7到S10基因組序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)中和GD、HN形成一個(gè)獨(dú)立的分枝。這些結(jié)果證實(shí)了SRBSDV作為斐濟(jì)病毒屬一個(gè)獨(dú)立種的觀點(diǎn),證明JNi4是SRBSDV的一個(gè)分離物。山東是目前為止發(fā)生SRBSDV的最北地區(qū)。
4、測(cè)定了來(lái)自山東、江蘇和安徽等地水稻和玉米101個(gè)RBSDV分離物的S8(S8包含一個(gè)開(kāi)放閱讀框ORF8,編碼次要衣殼蛋白)和103個(gè)分離物的
9、S10(ORF10編碼主要衣殼蛋白)的序列。RBSDV的S8和S10基因處于負(fù)選擇。RBSDV三個(gè)分離物的S8和兩個(gè)分離物的S10存在明確的重組現(xiàn)象。中國(guó)RBSDV種群根據(jù)S8基因可以分為3個(gè)組,而根據(jù)S10基因可以分為2個(gè)組,分組與分離物的地理和寄主來(lái)源之間沒(méi)有相關(guān)性。在同時(shí)獲得S8和S10序列的85個(gè)分離物中有17個(gè)是組間重排體,30個(gè)是亞組間重排體。不同地區(qū)和不同寄主的RBSDV亞種群內(nèi)和亞種群間基因交流頻繁,來(lái)自中國(guó)玉米的種群處
10、在擴(kuò)張趨勢(shì)。未發(fā)現(xiàn)RBSDV新譜系。這些結(jié)果表明重組、重排、負(fù)向選擇壓力及基因交流是影響中國(guó)RBSDV進(jìn)化的重要因素。
5、根據(jù)SDZZ10S8序列構(gòu)建了誘餌載體質(zhì)粒pGBKT7-S8,利用酵母雙雜系統(tǒng)從玉米cDNA文庫(kù)中篩選與RBSDVP8互作的玉米蛋白。經(jīng)假陽(yáng)性排除、序列測(cè)定以及在GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中blast檢索,初步篩選到26種可能互作的蛋白,并進(jìn)一步證實(shí)玉米40S核糖體蛋白S13可以和RBSDVP8互作。為了確定與
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