PCR-DGGE對六種淡水魚類腸道菌群結(jié)構(gòu)的比較研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、隨著現(xiàn)代集約化和規(guī)?;a(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展,應(yīng)激原的增多,導(dǎo)致水產(chǎn)動物免疫力下降,對疾病的易感性大大增強(qiáng)。近年來,人們在養(yǎng)殖水體和水產(chǎn)飼料中施用微生態(tài)制劑來改善養(yǎng)殖生態(tài)環(huán)境,提高水產(chǎn)養(yǎng)殖動物的免疫力,抑制病原微生物的繁殖,從而減少疾病的發(fā)生。微生態(tài)制劑大都是通過對腸道菌群施加影響而發(fā)揮作用的,因此,對動物腸道菌群的了解是研究和開發(fā)微生態(tài)制劑的先決條件。本文采用16S rDNA PCR-DGGE指紋圖譜技術(shù)比較分析集約化養(yǎng)殖的健康鳙和鰱、草魚

2、和團(tuán)頭魴、黃顙和鱖的腸道優(yōu)勢菌群結(jié)構(gòu),探討它們在腸道菌群組成上的差異,亦為澄清淡水魚腸道微生物區(qū)系及開發(fā)可定植益生菌奠定基礎(chǔ)。 首先,本文采用解剖學(xué)方法將六種淡水魚的腸道按照魚類解剖學(xué)特征分為前腸、中腸和后腸三段,然后參照修改后的Hoelzel等的方法進(jìn)行腸道微生物總DNA提取。其次,本文使用細(xì)菌16S rDNA-V3片段的特異性引物進(jìn)行腸道菌群總DNA的降落式PCR擴(kuò)增,然后進(jìn)行變性梯度凝膠電泳。最后,將DGGE圖譜中清晰的優(yōu)

3、勢性條帶標(biāo)記后割膠回收,并進(jìn)行克隆和測序。測序結(jié)果BLAST比對后,使用DNAMAN軟件構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。 對六種淡水魚腸道內(nèi)的細(xì)菌進(jìn)行DGGE指紋圖譜的多樣性分析,圖譜中的優(yōu)勢性條帶表明,淡水魚類的腸道中存在著大量的細(xì)菌群落。分析16S rDNA的基因序列后發(fā)現(xiàn),所得序列與gene bank中序列的相似度在96%-100%之間。 對鳙、鰱、草魚、團(tuán)頭魴、黃顙、鱖的腸道壁菌群進(jìn)行分析,研究發(fā)現(xiàn):同種魚中前腸壁的細(xì)菌分布一般

4、比中腸壁和后腸壁少,在同一腸段中都是厭氧菌總數(shù)遠(yuǎn)大于好氧菌總數(shù);不同魚種之間,腸壁的好氧菌總數(shù)差別比厭氧菌總數(shù)差別大得多。六種淡水魚類腸道菌群的種類和數(shù)量都具有從前腸至后腸逐漸增多的現(xiàn)象,它們腸道壁中的厭氧菌種類和數(shù)量分布的規(guī)律是:肉食性的鱖和黃顙>食浮游動植物為主的鳙和鰱>草食性的草魚和團(tuán)頭魴,即魚類腸道壁中的厭氧菌總數(shù)和雙歧桿菌的數(shù)目隨著其從草食性向肉食性的發(fā)展而逐漸增加。乳酸菌是魚類中腸道菌群的重要組成部分,魚類腸道的菌群組成結(jié)構(gòu)

5、隨著魚的種類、食性、生長的環(huán)境的不同而呈現(xiàn)出差異。 結(jié)論: 1.16S rDNA PCR-DGGE技術(shù)是一種快速有效的研究淡水魚類腸道菌群群落生態(tài)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)。 2.淡水魚體內(nèi)腸菌組成結(jié)構(gòu)隨著魚種類不同而呈現(xiàn)出差異,種類和數(shù)量具有從前腸至后腸逐漸增多的現(xiàn)象,并且厭氧菌總數(shù)大于好氧菌總數(shù)。 3.淡水魚體內(nèi)腸菌組成與不同的食物來源有關(guān),魚類腸壁中的厭氧菌總數(shù)和雙歧桿菌的數(shù)目隨著其從草食性向肉食性的發(fā)展而逐漸增加

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