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![基于元分析和生物信息學(xué)分析的玉米抗旱相關(guān)性狀QTL一致性區(qū)間定位.pdf_第1頁(yè)](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/1/9/37049a51-0a46-494a-afcf-8595a2c899f7/37049a51-0a46-494a-afcf-8595a2c899f71.gif)
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文檔簡(jiǎn)介
1、干旱是限制玉米生產(chǎn)的一個(gè)重要因素。隨著水資源日益緊張,干旱災(zāi)害頻發(fā),玉米抗旱性逐漸成為育種家最為關(guān)注的目標(biāo)性狀之一。分子標(biāo)記技術(shù)的快速發(fā)展,統(tǒng)計(jì)方法的不斷完善,為抗旱性這樣典型數(shù)量性狀的研究提供了保障,至今已定位了大量與玉米抗旱相關(guān)的QTL位點(diǎn)?;蚩寺〖夹g(shù)的不斷普及,加速了植物抗旱性相關(guān)基因的研究,目前已報(bào)道了許多典型的與干旱脅迫相關(guān)的功能基因或轉(zhuǎn)錄因子,如LEA蛋白,MYB、DREB等轉(zhuǎn)錄因子。但是,利用MAS或基因克隆等技術(shù)改良玉
2、米的抗旱性的相關(guān)報(bào)道卻相對(duì)較少,其原因主要在于發(fā)掘出的抗旱QTL位點(diǎn)比較分散或能有效提高玉米應(yīng)答水分脅迫的功能基因相對(duì)較少。隨著生物信息學(xué)的不斷發(fā)展,玉米基因組序列的完全測(cè)序,且所有序列信息提交公共數(shù)據(jù)庫(kù),使我們可以方便的利用互聯(lián)網(wǎng)上的免費(fèi)資源,搜集QTL定位信息,基因信息以及玉米基因組序列信息,從中發(fā)掘有效信息為抗旱育種服務(wù)。然而,選取什么方法,構(gòu)建QTL與基因組序列之間的橋梁,加速玉米抗旱性狀的研究,是現(xiàn)階段需要考慮重要問(wèn)題。
3、> 本研究收集整理玉米抗旱相關(guān)的QTL定位信息,涉及性狀23個(gè),主要包括產(chǎn)量、花期和株高三大類,分別為:產(chǎn)量、粒重、每株穗數(shù)、穗粒數(shù)、穗粒重、粒長(zhǎng)、粒厚、穗行長(zhǎng)、穗長(zhǎng)、穗粗、穗重、軸粗、10株穗數(shù)、10株粒數(shù)、每穗粒重、每穗粒數(shù)、百粒重、生物產(chǎn)量(干重)、開(kāi)花期、吐絲期、開(kāi)花吐絲間隔期(ASI)、株高和穗位高,以及玉米抗旱性相關(guān)的基因信息,利用元分析軟件,借助生物信息技術(shù)和玉米基因組序列資源,開(kāi)展了發(fā)掘玉米抗旱相關(guān)的有利基因組區(qū)段
4、的研究工作,研究?jī)?nèi)容及結(jié)果如下:
(1)共搜集到360多個(gè)國(guó)內(nèi)外與玉米抗旱性相關(guān)的QTL定位信息,借助玉米高密度遺傳連鎖圖譜IBM22008 Neighbors作參考,將所有QTL定位區(qū)間映射于該圖譜中,利用overview分析方法檢測(cè)發(fā)現(xiàn)這些QTL在10條染色體中呈非均勻分布,在多數(shù)染色體中都有QTL出現(xiàn)分度較高的區(qū)間,且在1、3、4、6和7號(hào)染色體中都有RPL值大于3的位點(diǎn)。利用MetaQTL軟件運(yùn)算得到玉米基因組中有
5、79個(gè)玉米抗旱性相關(guān)的“一致性”QTL(簡(jiǎn)稱MQTL)區(qū)間,且與overview分析結(jié)果相近,且置信區(qū)間相對(duì)較小,有助于進(jìn)一步作用機(jī)理分析;
(2)搜集IBM22008 Neighbors圖譜中與抗旱相關(guān)的基因座位,統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)有69個(gè)在MQTL區(qū)間內(nèi)部或鄰近,且部分MQTL區(qū)間中有3-6個(gè)抗旱相關(guān)的基因座位,推測(cè)這些區(qū)段與玉米抗旱性有一定的相關(guān)性;
(3)借助玉米遺傳圖譜與基因組序列的物理圖譜中標(biāo)記的相關(guān)性,將
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