1、該研究從中國四川省一疑似雞傳染性支氣管炎(Avian infectious bronchitis virus,IB)的雛雞病料中成功分離到一株雞傳染性支氣管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)(命名為SC).病毒經雞胚傳代、血凝實驗監(jiān)測和負染電鏡檢查,證實為IBV.采用自行設計的引物經反轉錄聚合酶鏈式反應(Reverse-translation polymerase-chain reaction,RT

2、-PCR)技術擴增得到了SC株、HN株(河南分離株)mRNA 5 cDNA(可編碼重疊的5a、5b兩個蛋白)及SC、HN、HLJ(黑龍江分離株)、SD(山東分離株)、AH(安徽分離株)五株IBV mRNA 6 cDNA(編碼N蛋白).應用DNAstar 5.06,Clustal 1.8,Antheprot5.0分析軟件將克隆測序的5a,5b蛋白基因和N蛋白基因分別與GeneBank中14株國內外參考毒株進行序列比較分析和基因同源性分析,

3、繪制了5a、5b和N基因的進化樹,同時描述了核蛋白的抗原表位、疏水性等基本特性.結果如下:1.對5a基因核苷酸、氨基酸進行了序列同源性和系統(tǒng)進化樹分析,結果明:SC、HN兩毒株間有較近的親緣關系,在同一進化群內,兩毒株間5a基因核苷酸和氨基酸的同源性均較高;兩毒株與國內外參考毒株相比存在多處獨特的點突變,導致相應區(qū)域的氨基酸發(fā)生改變;在5a基因核苷酸及推導的氨基酸同源性上,SC株、HN株與H52疫苗株較高,推測5a基因的遺傳變異與該疫苗

4、株的應用可能有一定關系.2.對5b基因核苷酸、氨基酸序列同源性分析表明:在5b基因核苷酸及氨基酸同源性上,HN株與SC株間最高;HN和SC株5b基因核苷酸及推導的氨基酸同源性均明顯高于5a基因,其它參考毒株的5a和5b序列分析亦如此,說明5b基因的保守性要高于5a基因;對5 b基因進化樹分析表明,SC株、HN株親緣關系較近,進化過程中發(fā)生的變異可能相似.3.從序列同源性、進化樹及二級結構預測三個方面分析了相對保守的N基因的遺傳變異,結果

5、表明:HN、SC、AH三個分離株N基因的變異相似,SD、HLJ兩個分離株的變異相似;HN、SC、AH三個分離株的變異獨特,明顯不同于國內外參考毒株,推測該三個毒株具有共同的起源,但其確切的起源還需要分析最能反映IBV田間進化的S1基因的變異情況;HN、SC、AH株三個分離株在起源相同,進化相似的可能情況下在病毒與宿主、病毒與環(huán)境的相互作用等選擇壓力下進行著不同程度的衍化而在基因的局部區(qū)域具備了各自的特征.綜上所述,該文分析了HN、SC兩