illumina測序基礎知識資料_第1頁
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文檔簡介

1、第一個要給大家講的,是它這個flowcell。Flowcell翻成中文,就叫“流動池”。我們來看這個圖片。圖片當中,我們看到一個象載玻片大小的芯片。這個芯片里面,是做了8條通道。在這個通道的內(nèi)表面,是做了專門的化學修飾。它的化學修飾,主要是用2種DNA引物,把它(2種DNA引物)種在玻璃表面。這兩種(DNA引物的)序列是和接下來要測序的DNA文庫的接頭序列相互補的。而且這2種引物是通過共價鍵,連到Flowcell上去。之所以要用共價鍵連

2、到Flowcell上去,是因為接下來有大量的液體要流過這個Flowcell,只有有共價鍵連接的這些DNA,才不會被沖掉。這就是Flowcell。文庫制作再接下來,講一下文庫、和文庫的制作(過程)所謂的DNA文庫,實際上是許多個DNA片段,在兩頭接上了特定的DNA接頭,型成的DNA混合物。文庫有2個特點,第1個特點,是當中這一段插入的DNA,它的序列是各種各樣的。第2個特點,它的兩頭的接頭序列,是已知的,而且是人工特地加上去的。要做這個文

3、庫,首先是把基因組DNA,用超聲波打斷。然后打斷之后,兩頭用酶把它補平,再用Klenow酶在3’端加上一個A堿基。然后,再用連接酶把這個接頭給連上去。連好了接頭的DNA混合物,我們就稱為一個“文庫”。英文也稱作“l(fā)ibrary”。橋式PCR做好了Library之后,就要做橋式PCR了。橋式PCR,實際上是把文庫種到芯片上去,然后進行擴增,這樣的一個過程。那么,在測序的時侯,加入進去的,最主要是2個東西:一個是帶熒光標記的dNTP。而這個

4、dNTP,它還有一個特點,它的3’末端是被一個疊氮基堵住的。然后,再加一個聚合酶,聚合酶就會選擇:哪一個dNTP是和原來位置上的那個堿基是互補的,根據(jù)互補性原理,把這個dNTP合成到新的這個DNA鏈上去。因為這個dNTP的3’端是被一個疊氮基團堵住了,所以,它一個循環(huán)只能延長一個堿基。然后,它就停在那兒了。合成完了之后,就用水把多余的dNTP和酶給沖掉。沖掉之后,就放到顯微鏡下,去進行激光掃描。根據(jù)發(fā)出來的熒光來判斷它是哪個堿基。因為4

5、種dNTP,它每一種dNTP上面標的熒光素都不一樣,根據(jù)紅、黃、藍、綠,它出來的哪種顏色,那么,就可以倒過來推出來,這個新合成上去的堿基,是哪種堿基。因為新合成的堿基,是和原來位置(的堿基)是互補的,所以,又推出模板上那個堿基是哪個。這一個循環(huán)完成之后,就加入一些化學試劑,把疊氮基團和旁邊標記的熒光基團切掉。切完了之后,3’端的羥基就暴露出來。再接下來,加入新的dNTP和新的酶,然后,又延長一個堿基。新延長完一個堿基之后,把多余的酶和d

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