1、多肽不僅是構(gòu)成蛋白質(zhì)的片段，同時(shí)也是生物體體內(nèi)具有獨(dú)立功能的小分子，對(duì)多肽的理論研究具有非常重要的實(shí)際意義。本論文所研究的內(nèi)容涉及到十幾個(gè)多肽體系，我們重點(diǎn)分析了其中幾個(gè)多肽的結(jié)構(gòu)性質(zhì)。在研究過程中，我根據(jù)以往的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)出一些比較有實(shí)用價(jià)值的方法，并按需要發(fā)展了實(shí)用的輔助分析計(jì)算程序。
　　 第1章中我們主要介紹了計(jì)算生物分子體系所需要的理論基礎(chǔ)知識(shí)，這其中包括從頭計(jì)算方法、半經(jīng)驗(yàn)方法以及密度泛函理論等。接下來介紹了用來研究氫鍵

2、的有利的理論工具——AIM理論。最后我們簡(jiǎn)要介紹了本文涉及的計(jì)算所用到的2個(gè)軟件包。
　　 第2章我們結(jié)合了半經(jīng)驗(yàn)方法、從頭算方法以及密度泛函理論計(jì)算了四肽GFGG體系的穩(wěn)定構(gòu)型，對(duì)其計(jì)算過程進(jìn)行詳細(xì)的描述。四肽GFGG穩(wěn)定構(gòu)型的能量、零點(diǎn)振動(dòng)能、垂直電離能、轉(zhuǎn)動(dòng)常數(shù)、偶極矩等基本計(jì)算結(jié)果也在本章中給出，此外我們還計(jì)算了體系在98K、198K、298K、398K以及498K溫度下的分布。由于四肽已經(jīng)具有一定類似于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)性質(zhì)

3、，我們對(duì)該體系的結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行了分析。四肽中蘊(yùn)含了豐富的氫鍵類型，本章利用AIM理論對(duì)體系的氫鍵做了深入的分析。四肽體系中的振動(dòng)光譜同樣有一定的復(fù)雜性，最后我們分析體系的振動(dòng)光譜，發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)有趣的現(xiàn)象。
　　 第3章我們重點(diǎn)利用AIM理論分析四肽GFGG中常見幾種氫鍵的鍵臨界點(diǎn)電荷密度與鍵長(zhǎng)之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)其呈現(xiàn)指數(shù)衰減的規(guī)律。由于鍵能與臨界點(diǎn)的電荷密度有密切聯(lián)系，這一研究將對(duì)氫鍵鍵能的估計(jì)有重要的意義。隨后通過對(duì)五肽GGGGG以

4、及甘氨酸加三個(gè)水體系中的分子內(nèi)和分子間氫鍵做了同樣的研究，證實(shí)了這種規(guī)律的普遍性。
　　 第4章簡(jiǎn)要介紹了本人在研究過程中所編寫的一系列程序和腳本。由于本實(shí)驗(yàn)室所涉及到的計(jì)算分析數(shù)量巨大，分析計(jì)算程序是不可或缺的。本人根據(jù)以往前人的經(jīng)驗(yàn)以及自己的分析總結(jié)，利用C++語言以及Unix下腳本語言編寫出了一系列的分析計(jì)算程序。這些程序和腳本對(duì)于提高小組整體工作效率有很大的幫組。
　　 第5章對(duì)多肽計(jì)算過程中的某些細(xì)節(jié)做了進(jìn)一步