利用多重表象的量子動力學(xué)-分子動力學(xué)方法研究液相下三個不同尺度分子體系的反應(yīng).pdf_第1頁
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文檔簡介

1、液相下,反應(yīng)分子在溶劑分子中碰撞或振動會發(fā)生一系列的化學(xué)反應(yīng)。由于溶液閉鎖效應(yīng)及牢籠效應(yīng)的存在,導(dǎo)致液相下的反應(yīng)原理與氣相下迥然不同。鑒于液相體系過大的計算量,一般的研究方法為分子動力學(xué)方法或連續(xù)介質(zhì)近似,這些方法或者無法描述化學(xué)鍵的形成與斷裂,或者計算精度較低。本文將首次使用顯式(explicit)溶劑模型(SPC/E)用多重表象的量子動力學(xué)/分子動力學(xué)方法(CCSD(T)/MM、DFT/MM及ESP/MM)對液相下一些化學(xué)反應(yīng)機(jī)制進(jìn)

2、行研究,以求獲得高精度的CCSD(T)理論水平的相關(guān)結(jié)果,希望從原子分子甚至電子層面了解化學(xué)反應(yīng)機(jī)制,并指導(dǎo)相關(guān)實驗的進(jìn)行。鹵代烴是地表/地下水、大氣和土壤的重要污染源,被美國環(huán)保局列入126種優(yōu)先污染物的鹵代烴就有26種(包括氯代甲烷和氯代乙烷),因此本文首先對鹵代甲烷的親核取代反應(yīng)CH3Cl+F-→CH3F+Cl-進(jìn)行研究,接下來研究相對更大的親核取代反應(yīng)體系氯代乙烷EtCl+ClO-→EtClO+Cl-的相關(guān)機(jī)理并與氣相下的反應(yīng)機(jī)

3、制作對比。最后我們將工作重點(diǎn)轉(zhuǎn)移到更大分子體系的研究。鑒于DNA堿基容易被修飾從而引起衰老、病變、影響生物體機(jī)能,且人體中含有大量水溶液,這里我們對液相下常見的羥基進(jìn)攻鳥嘌呤形成8-羥基鳥嘌呤后的開環(huán)反應(yīng)進(jìn)行研究。
  本文第一章為序言,介紹選題背景及相關(guān)理論知識。
  第二章,對CH3Cl+F-→CH3F+Cl-進(jìn)行研究,詳細(xì)介紹研究過程的理論實現(xiàn);得到沿反應(yīng)路徑的電子云分布、幾何構(gòu)型變化;發(fā)現(xiàn)CCSD(T)理論水平的液相

4、勢壘為23.2 kcal/mol、反應(yīng)熱-8.0 kcal/mol,與液相實驗勢壘26.9 kcal/mol、利用氣相實驗值及溶劑化能量獲得的液相反應(yīng)熱-8.1 kcal/mol吻合得較好;該反應(yīng)溶液對反應(yīng)勢壘貢獻(xiàn)18.5 kcal/mol,其中溶劑經(jīng)典能量占主導(dǎo)地位。
  第三章,介紹EtCl+ClO-→EtClO+Cl-的反應(yīng)機(jī)制:同樣計算了以上物理參量,發(fā)現(xiàn)極化及溶劑能量對勢壘的貢獻(xiàn)分庭抗禮;通過計算得液相下反應(yīng)速率為5.2

5、7×10-17 cm3molecule-1s-1比氣相慢了7個數(shù)量級,驗證了水的存在對反應(yīng)的阻礙作用;相對第二章的體系,該體系進(jìn)一步利用兩種不同 DFT理論方法(M08-SO/ccpVTZ及B3LYP/aug-cc-pVTZ)對氯代乙烷體系進(jìn)行分析計算。
  第四章討論了液相下8-羥基鳥嘌呤開環(huán)生成formimidic acid radical的反應(yīng)機(jī)制。與前兩個體系計算內(nèi)容一致,我們得到了自由能路徑、水的貢獻(xiàn)、有效電荷分布及分子

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