基于個體和群體DNA數(shù)據(jù)的單體型頻率估計(jì).pdf_第1頁
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文檔簡介

1、基因研究中一個重要的課題是從基因型數(shù)據(jù)中推斷出單體型對的形式,這就涉及了估計(jì)單體型的頻率。本文針對個體型和群體型DNA數(shù)據(jù)給出了一個統(tǒng)一的算法CSPool 對單體型的頻率進(jìn)行估計(jì)。特別地,對個體型數(shù)據(jù)而言,針對每個個體的基因型CSPool 可以推斷其一對單體型的相形。相較以往的方法而言,本文使用的方法有較大的速度優(yōu)勢,并在相同數(shù)據(jù)集和數(shù)據(jù)類型中與多種方法有可比的準(zhǔn)確性,擁有較小的偏差和同其他方法可比的解的穩(wěn)定性。
   本文率先

2、在單體型頻率估計(jì)中引入壓縮感知作為工具,對稀疏性先驗(yàn)進(jìn)行充分利用,從而達(dá)到快速且準(zhǔn)確的對單體型頻率進(jìn)行估計(jì)并推斷基因的相形;本文亦提出了處理位點(diǎn)較多時所用的與壓縮感知相應(yīng)的分割捆綁算法及參數(shù)選擇,從而可以估計(jì)位點(diǎn)比較多的單體型。亦實(shí)現(xiàn)了CSPool的圖形界面和網(wǎng)頁應(yīng)用軟件。在不同類型的數(shù)據(jù)集上,本文使用了CSPool 與一些現(xiàn)有方法進(jìn)行了比較,發(fā)現(xiàn)CSPool具有一定的優(yōu)越性?;诖?,可以預(yù)見,本文提出的方法CSPool在現(xiàn)在下一代測序

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