1、生物大分子模擬在生物研究領域中具有重要作用。如今，量子化學計算和分子動力學模擬在生物分子理論計算領域廣為應用。對于分子力學來說，力場的構(gòu)建尤為重要?；诜肿恿觯梢哉归_蒙特卡洛計算以及分子動力學模擬。
　　分子力場的構(gòu)建需要使用大量的分子構(gòu)象、能量、電荷分布等物理化學信息。本文工作即是為了構(gòu)建蛋白質(zhì)力場而進行大規(guī)模模擬計算并聚類分析進而得到一套具有代表性且具有一定可用性的數(shù)據(jù)集。
　　在蛋白質(zhì)選取方面，考慮到蛋白質(zhì)的生物環(huán)

2、境，對蛋白質(zhì)多種復合物進行選擇以保證其一般性。然后進行動力學模擬得到蛋白質(zhì)軌跡，并借鑒MFCC分塊法思想從中提取出大量的氨基酸構(gòu)象。在對氨基酸提取的過程當中，采用了獨特的氨基酸片段兩端處理辦法。經(jīng)過分塊處理，初步提取出20種氨基酸的構(gòu)象、能量、電荷分布等信息以構(gòu)成原始數(shù)據(jù)集。原始數(shù)據(jù)集信息量龐大，數(shù)據(jù)重復性較高，每種特征量所占權重各有不同。為了將氨基酸原始數(shù)據(jù)集簡化，同時又不失其采樣數(shù)據(jù)的全面性，由此引用一種新的聚類方法，即t-SNE分