1、細菌小 RNA,也稱為非編碼 RNA,是一類大小通常介于50-500nt之間,不編碼蛋白質(zhì),卻具有獨立功能的RNA分子。小RNA廣泛存在于細菌以及真核生物中,對細胞的生理過程起著重要的調(diào)節(jié)作用。研究表明,小RNA在細菌的糖代謝,碳代謝,應激反應,細胞運動和致病性等方面發(fā)揮著重要的作用。近年來,盡管已經(jīng)有將近1000個細菌小RNA被鑒定出來,但是,絕大多數(shù)小RNA的生物學功能尚不清楚。
　　十字花科黑腐病菌(Xanthomonas

2、campestris pathovar campestris,以下簡稱Xcc)是在世界范圍內(nèi)廣泛引起芥菜、蘿卜、甘藍和白菜等十字花科植物黑腐病的病原菌,也是病原菌與植物互作的重要模式菌種之一。之前,本課題組采用RNA深度測序(RNA-seq)方法,在十字花科黑腐病菌8004菌株(Xcc8004)中鑒定了1008個候選小RNA,其中90多個小RNA已通過Northern雜交或RT-PCR驗證,但它們的功能還不清楚。本研究選取已通過RT-P

3、CR驗證的14個小RNA作為研究對象,通過構(gòu)建它們的過量表達株和缺失突變體以及表型分析來確定它們的生物學功能。
　　由于這14個目的小RNA轉(zhuǎn)錄方向未知,因此,本研究首先采用鏈特異性RT-PCR對這14個小RNA的轉(zhuǎn)錄方向進行確定。目前,已經(jīng)確定了12個小RNA的轉(zhuǎn)錄方向。目的小RNA的轉(zhuǎn)錄方向確定后,緊接著進行了過量表達株和缺失突變體的構(gòu)建。目前,本研究已獲得了所有14個目的小RNA的過量表達株和5個位于基因間隔區(qū)的目的小RNA

4、的缺失突變體。并且還對這些過量表達株和缺失突變體的以下表型:(1)在豐富培養(yǎng)基和基本培養(yǎng)基內(nèi)生長情況、(2)胞外酶活性、(3)胞外多糖產(chǎn)量、(4)金屬離子耐受性、(5)對蛋白質(zhì)變性劑SDS和NaCl的耐受能力、(6)游動性、(7)聚集生長能力、(8)在寄主植物上的致病力以及在非寄主植物上引起高敏反應(HR反應)的能力;進行了檢測,并和野生型菌株和帶有空的過量表達載體 pBBad18K的野生型菌株的表型進行比較。結(jié)果顯示:(1)小RNA

5、sRXcc-40的過量表達株OE40對Co2+的耐受性比導入了空的過量表達載體的野生型菌株(WT/pB)和過量表達sRXcc-40的反義RNA的菌株OE40R的顯著增強;(2)小RNA sRXcc-36的缺失突變體DM36在豐富和基本培養(yǎng)基生長的穩(wěn)定期的菌體密度比野生型菌株的顯著增高;(3)小RNA sRXcc-35的缺失突變體DM35在基本培養(yǎng)基的對數(shù)期和穩(wěn)定期的菌體密度略高于野生型菌株,(4)其它的過量表達株和缺失突變體的所有檢測表