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文檔簡介
1、目的:Talin-1是一種大分子骨架蛋白,其能促進肝癌的進展。然而Talin-1促進肝癌進展的機制目前尚無報道。本文通過人全基因芯片分析比較肝癌細胞和敲低Talin-1的肝癌細胞的全基因表達譜來分析Talin-1促進肝癌發(fā)生發(fā)展的潛在機制。
方法:分別應用實時熒光定量逆轉錄-聚合酶鏈反應(real-time quantitative assay,qRT-PCR)及Western blot(WB)檢測肝癌細胞株MHCC-97L及
2、正常肝上皮細胞LO2中Talin-1 mRNA及蛋白的表達水平。使用病毒轉染MHCC-97L細胞制備穩(wěn)定轉染的Talin-1敲低MHCC-97L細胞株(sh-Talin-1 MHCC-97L)。使用細胞計數(shù)法分析比較MHCC-97L細胞和sh-Talin-1 MHCC-97L細胞的生長能力;使用細胞劃痕實驗和Transwell遷移實驗分析比較MHCC-97L細胞和sh-Talin-1 MHCC-97L細胞的轉移能力。使用人全基因芯片(4
3、0000個基因)分析 MHCC-97L細胞和sh-Talin-1 MHCC-97L細胞中差異表達的基因;使用GO富集分析芯片數(shù)據(jù),分析Talin-1調控的生物學行為;使用Cytoscape v3.4.0制作Talin-1的調控網(wǎng)絡。使用GraphPad Prism5進行統(tǒng)計學分析。
結果: MHCC-97L細胞及LO2細胞中Talin-1均有表達,且Talin-1mRNA(P<0.001)及蛋白(P<0.001)在MHCC-9
4、7L細胞中的表達顯著高于其在LO2細胞中的表達水平。Talin-1 mRNA(P<0.001)及蛋白(P<0.001)在MHCC-97L細胞中的表達顯著高于其在sh-Talin-1 MHCC-97L細胞中的表達水平。進一步通過全基因芯片分析發(fā)現(xiàn)在這40000個基因中, Talin-1敲低后3099個基因表達發(fā)生改變,其中1924個基因表達上調,2175個基因表達下調。通過 GO富集分析發(fā)現(xiàn)Talin-1促進許多HCC進展相關的生物學行為
5、,包括離子轉運(相關基因:CAV3與KCNE3等),膜去極化(相關基因:CAV3與KCNE3等),細胞生長(相關基因:EDN1,IGFBP5,CYR61等)及細胞粘附(相關基因:MUC1,SLAMF7,WISP1等)。最后通過檢索已發(fā)表文章和數(shù)據(jù)庫并制作 Talin-1調控網(wǎng)絡,我們發(fā)現(xiàn)Talin-1能調控細胞周期蛋白(如Cyclin D1, BCL-2家族和p53網(wǎng)絡),EMT相關蛋白(如E-鈣黏蛋白,N-鈣黏蛋白 and vimen
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