1、本論文共包括三個(gè)部分：
　　 1）概述了單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）標(biāo)記及其在生態(tài)、進(jìn)化和種群生物學(xué)中的應(yīng)用。
　　 2)篩選單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)：通過構(gòu)建江豚（Neophocaena phocaenoides）的基因組霰彈槍法文庫（whole-genome shotgun library），通過克隆測(cè)序獲得了98個(gè)序列。根據(jù)這些序列設(shè)計(jì)了74 對(duì)引物，其中69

2、 對(duì)能進(jìn)行成功的PCR 擴(kuò)增。
　　 通過69 對(duì)引物在24個(gè)江豚個(gè)體中擴(kuò)增產(chǎn)物的變性高效液相色譜（denaturing highperformance liquid chromatography，DHPLC）分析，發(fā)現(xiàn)其中25 對(duì)引物的擴(kuò)增產(chǎn)物呈現(xiàn)多態(tài)，并通過測(cè)序驗(yàn)證確定其中24個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物中含有SNPs。通過進(jìn)一步的篩選，共確定31個(gè)SNPs，其中顛換6個(gè)，轉(zhuǎn)換25個(gè)，沒有發(fā)現(xiàn)缺失或插入。
　　 DHPLC 分析時(shí)的假

3、陽性率大約為4％，構(gòu)建基因組文庫結(jié)合DHPLC的方法可以用于非模式生物SNPs的大規(guī)模篩選。
　　 3）通過Y染色體比較錨定序列示蹤（Y chromosome comparative anchortagged sequences，YCATS）法，選擇人、小鼠及其它哺乳動(dòng)物中已知的13對(duì)YCATS引物，通過PCR反應(yīng)從江豚基因組中擴(kuò)增出相應(yīng)的DNA片段，結(jié)合DHPLC和DNA直接測(cè)序等技術(shù)，進(jìn)行江豚單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的篩選，共得到

4、大約4500bp的序列。通過不同個(gè)體同源序列的比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)其中的4對(duì)引物中DNA片段具有多態(tài)性，共檢測(cè)出3個(gè)SNPs位點(diǎn)和一個(gè)插入或缺失，即大約每1500bp出現(xiàn)一個(gè)SNP。
　　 利用片段長(zhǎng)度差異等位基因特異性PCR（fragment length discrepant allele specificPCR，F(xiàn)LDAS—PCR)結(jié)合雙色紅外熒光檢測(cè)技術(shù)（LI-COR 4300 DNA Analyzer）來對(duì)中國(guó)水域江豚種群進(jìn)