1、近年來隨著計算機技術的飛速發(fā)展，分子動力學模擬已經(jīng)成為生物大分子理論研究的一種十分重要的工具，大量用于研究生物分子及其復合體的結構、動力學和熱力學過程。對于大分子體系而言電荷分布在很大程度上影響著模擬的結果，發(fā)展一種計算量較小且有較高精度的電荷分布方法尤為重要。原子.鍵電負性均衡方法中的σπ模型(ABEEMσπ)是近年來發(fā)展的一種準確快速地計算大分子體系電荷分布的方法，對于應用到大分子體系電荷分布的計算有很大的優(yōu)越性和精確度，已經(jīng)引起了

2、一定的關注并為大家所接受。但是，隨著分子體系規(guī)模的增大，利用ABEEMσπ模型電荷分布串行程序計算電荷分布的時間越來越長。為了擴大ABEEMσπ模型電荷分布計算的分子體系規(guī)模，并且提高計算速度，本文針對ABEEMσπ模型電荷分布計算并行處理技術進行了細致的研究，主要內(nèi)容包括：
　　 1.通過分析ABEEMσπ模型電荷分布計算的串行處理流程，給出優(yōu)化方案，減少冗余代碼；采用動態(tài)存儲技術縮短全局數(shù)組和局部數(shù)組的生存周期，節(jié)省了內(nèi)存空

3、間。
　　 2.在優(yōu)化后的ABEEMσπ電荷分布計算串行程序基礎上設計了ABEEMσπ電荷分布計算并行方案，成功實現(xiàn)了其并行化，突破了原有串行軟件求解模型規(guī)模較小的限制。
　　 3.根據(jù)ABEEMσπ電荷分布計算方法的特點，提出并比較了兩種并行任務劃分方案，其中塊卷簾劃分方案，采用多行矩陣循環(huán)分配到各處理器上，減少了通信次數(shù)，降低了通信開銷，在求解大模型電荷分布時取得較高的并行加速比。
　　 4.對ABEEMσπ