應(yīng)用全外顯子測序探索視網(wǎng)膜色素變性家系的致病基因.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:視網(wǎng)膜色素變性(Retinitis Pigmentosa,RP)是視網(wǎng)膜感光細胞和視網(wǎng)膜色素上皮細胞進行性變性導(dǎo)致的一類常見的致盲性遺傳眼病。典型的臨床表現(xiàn)為早期的夜盲,隨后出現(xiàn)漸進性的視野缺損及中心視力的下降。該病臨床表現(xiàn)不一,發(fā)病年齡、病程進展及嚴(yán)重程度差異大,有些患者伴有全身的癥狀,以綜合征形式出現(xiàn)。在全世界范圍內(nèi)的患病率約為1/3800,據(jù)估計全世界至少有100萬的患者。該病雖然是單基因遺傳病,但是遺傳異質(zhì)性高,約有1/3

2、~1/2的病例有遺傳背景。RP常見的遺傳方式包括常染色體顯性遺傳、常染色體隱性遺傳和X連鎖遺傳,還有很大一部分患者是無家族史的散發(fā)病例,很難判斷其遺傳方式。目前已經(jīng)報道的RP的致病基因有70多個,突變位點有3000多個。根據(jù)患者的臨床表現(xiàn)、家族史及相關(guān)檢查很難做出精確的基因診斷。
  全外顯子測序是指將基因組中外顯子區(qū)域DNA捕獲并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。全部外顯子區(qū)及外顯子與內(nèi)含子的交界區(qū)雖然只占全基因的1%,但是

3、大多數(shù)與遺傳表型相關(guān)的功能性變異是位于外顯子區(qū),應(yīng)用該技術(shù)已經(jīng)找到了很多孟德爾遺傳病的致病基因。為探索一種高效地實用地可用于臨床的尋找視網(wǎng)膜色素變性致病基因的方法,本研究旨在嘗試運用全外顯子測序方法探索一個中國視網(wǎng)膜色素變性家系的致病基因。
  方法:收集了一個具有四代家族史的中國家系,該家族總共有14例患者,女性9例,男性5例,每一代都有人患病,無近親婚配史。我們采集了7個患者和1個健康家屬的外周血樣,均對他們做了詳細全面的眼科

4、檢查如視力、視野、眼底等。我們首先選取了包括先證者在內(nèi)的2名患者和1名健康家屬的血樣,提取他們的基因組DNA送去公司做全外顯子高通量測序。然后通過多種生物信息學(xué)方法對測序結(jié)果進行分析后獲得候選的致病基因,接著用直接測序方法對候選致病基因的突變?yōu)辄c進行驗證,排除假陽性的突變位點,結(jié)合家族內(nèi)共分離驗證確定致病基因。
  結(jié)果:該家系中的所有患者均是在幼年時出現(xiàn)夜盲癥狀,大多患者在30歲左右時感覺到明顯的視野缺損和視力下降,到晚年時基本

5、上已經(jīng)全盲。各患者的眼底都有RP典型的眼底表現(xiàn)如骨細胞樣色素沉著、視網(wǎng)膜血管變細、色素上皮萎縮和視乳頭蒼白等。OCT檢查顯示各患者有不同程度的感光細胞的內(nèi)節(jié)和外節(jié)變薄,組織結(jié)構(gòu)紊亂。Humphrey視野檢查顯示患者的周邊視野缺損明顯,呈管狀視野。隨著患者年齡的增長,癥狀逐漸加重。在本研究中通過全外顯子測序?qū)ふ页龊蜻x的致病基因,經(jīng)過直接測序驗證和家系共分離驗證,篩查出該RP家系的致病基因為基因RHO。經(jīng)驗證該家系中患者均攜帶有基因RHO的

6、第403號編碼位點的雜合c.403C>T突變,導(dǎo)致該位點的氨基酸由精氨酸變?yōu)樯彼幔绊懟騌HO編碼視紫紅質(zhì)蛋白的正常功能,從而影響感光細胞中光電轉(zhuǎn)化過程。該家系中正常的家屬該位點均為野生型,這與他們常染色體顯性遺傳方式相符合。該突變位點已經(jīng)在其他RP病人中有過報道,故可進一步確定p.R135>W(wǎng)是本研究中RP家系的致病突變位點。
  結(jié)論:本研究成功運用全外顯子測序的方法探索視網(wǎng)膜色素變性家系的致病基因,成功地找到了患病家系的

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