腺病毒分型基因芯片方法的建立與驗證.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、人腺病毒(Human adenovirus,HAdV)最早發(fā)現(xiàn)于人體扁桃體組織中,是一種無包膜立體對稱的二十面體雙鏈DNA病毒顆粒。腺病毒的致病譜與血清型有關,不同血清型可引起不同疾病,所以我們需要能夠確定其型別的檢測方法。根據文獻報道,目前腺病毒有68個型別,國際病毒學分類委員會(The International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)將1-52型劃分為7個亞屬(A-G),B亞屬

2、主要包括3、7、14、11和55型,可引起呼吸道疾病。近年來,腺病毒引起的呼吸道感染疫情時有暴發(fā),疫情發(fā)展快、感染性強,病情嚴重者可危及生命,其早期檢測和分型也成為醫(yī)務工作者及研究者們面臨的重要問題。目前的檢測和分型方法中,病毒分離法耗時太長,免疫學方法并不能區(qū)分具體的血清型別。PCR擴增法通過擴增特異性基因片段,結合測序法確定其型別,但測序法靈敏度不足,主要用于實驗室研究和新型腺病毒的確定。環(huán)介導等溫擴增雖靈敏度高,特異性好,但其引物

3、設計要求較高且易污染,不能實現(xiàn)高通量的要求。因此,迫切需要建立一種快速、簡便的腺病毒分型檢測方法。
  本文旨在建立一種腺病毒分型化學發(fā)光基因芯片檢測方法,可對腺病毒3、7、14、11和55型準確分型,與病毒分離等方法相比,可縮短檢測時間,提高檢測效率,為腺病毒分型檢測提供一種新的方法。本實驗通過查閱文獻確定腺病毒的靶基因,從GenBank中下載特異性基因序列,利用Primer5.0、Clustalx1.8.msw、Alignme

4、n等生物學軟件設計引物和探針,對引物和探針進行合成和篩選,制備寡核苷酸基因芯片。運用多重不對稱PCR法擴增特異性基因片段,將擴增產物與基因芯片上的特異性探針雜交,經過洗滌、化學發(fā)光顯色后,進行結果分析。在優(yōu)化的多重PCR體系、雜交條件和化學發(fā)光檢測條件下,對芯片的特異性、靈敏性和重復性進行評價,通過檢測38例臨床樣本,考核基因芯片的實用性。本研究選取腺病毒的靶基因為hexon基因,共篩選出4對引物和5條探針,3型、7型和14型各一對引物

5、、11和55型腺病毒共用1對引物,5種腺病毒各對應1條探針。完成了5種腺病毒質粒參考品的構建,用質粒參考品對芯片的特異性、靈敏度和重復性進行考核,以質粒為模板確定五重PCR體系進行PCR擴增,擴增產物與基因芯片上的探針雜交后,特異性良好,相互間無交叉信號,該基因芯片的最低檢測限為3×103copies/μl,同一芯片內和不同芯片間的重復性變異系數CV值均小于15%。38例臨床樣本的分型結果與測序法結果基本一致(37/38)。綜上,本文建

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