1、系統(tǒng)發(fā)育分析是生物信息學(xué)領(lǐng)域中的熱點(diǎn)問題之一，它是一種在基因水平上分析物種之間親緣關(guān)系的技術(shù)和方法。眾所周知，可以通過(guò)構(gòu)建同源保守基因的分子進(jìn)化樹，來(lái)進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。但是，基因分子長(zhǎng)度和功能上的限制會(huì)導(dǎo)致變異位點(diǎn)數(shù)量上的限制，基因的進(jìn)化歷史也不能夠完全反映物種本身的進(jìn)化歷史。隨著大量物種的基因組測(cè)序完成，使得從基因組中獲取系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記來(lái)進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析成為可能。然而，由于傳統(tǒng)的系統(tǒng)發(fā)育分析方法都建立在多序列比對(duì)的基礎(chǔ)上，而多序列比對(duì)算

2、法時(shí)間復(fù)雜度很高，無(wú)法應(yīng)用于基因組數(shù)據(jù)。因此，如何快速地從基因組中獲取系統(tǒng)發(fā)育標(biāo)記已成為現(xiàn)今系統(tǒng)發(fā)育分析領(lǐng)域急需解決的問題。 德國(guó)Tübingen生物信息中心的StefanR.Henz等人提出了基于原核生物基因組信息的系統(tǒng)發(fā)育分析思想Genomeblastdistancephylogeny(GBDP)。通過(guò)對(duì)基因組序列進(jìn)行局部相似性搜索，然后運(yùn)用一定的策略，從局部相似性搜索的結(jié)果中計(jì)算出距離矩陣，來(lái)構(gòu)建進(jìn)化樹，進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。

3、 本文根據(jù)GBDP思想，綜合了本實(shí)驗(yàn)室提出的另一種計(jì)算距離矩陣的方法，并在GBDP基礎(chǔ)上提出了一種改進(jìn)的計(jì)算距離方法，獨(dú)立開發(fā)了能基于全基因組信息進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析的Widows軟件GnobladistTree。該軟件整合了NCBIToolkit軟件包中的BLAST子程序和PHYLIP軟件包中的Neighbor-joining、UPGMA、ME等多種基于距離的建樹程序，具有操作簡(jiǎn)單、界面友好、運(yùn)行速度、結(jié)果穩(wěn)定等特點(diǎn)，是國(guó)內(nèi)為數(shù)不