1、MicroRNAs(miRNAs)是一類(lèi)非編碼RNAs，它們能夠通過(guò)與靶標(biāo)基因的mRNA特異結(jié)合對(duì)靶標(biāo)基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。植物的miRNAs能夠與靶標(biāo)基因的mRNAs精確配對(duì)，并且結(jié)合區(qū)域可能是mRNAs的所有部分；相對(duì)于植物，動(dòng)物的miRNAs與靶標(biāo)基因發(fā)生不精確配對(duì)，因此形成比植物復(fù)雜的局部二級(jí)結(jié)構(gòu)，但是動(dòng)物的miRNAs只與靶標(biāo)基因的3’非編碼區(qū)內(nèi)序列結(jié)合。目前，實(shí)驗(yàn)確定miRNAs的靶標(biāo)還比較困難，到2007年初，總共實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的

2、靶標(biāo)不超過(guò)100個(gè)，而現(xiàn)在在各個(gè)物種中發(fā)現(xiàn)的miRNAs已經(jīng)有四千多個(gè)，預(yù)測(cè)人類(lèi)中有1/3的基因受到miRNAs的調(diào)控，所以通過(guò)生物信息學(xué)手段確定miRNAs的靶標(biāo)和研究其功能就變得重要和迫切。從mRNA前體中除去內(nèi)含子得到信使mRNA的過(guò)程被稱(chēng)為RNA剪接，而對(duì)同一mRNA前體的不同剪接方式就成為選擇性剪接，選擇性剪接在高等生物的基因調(diào)節(jié)中處于核心的地位，作為選擇性剪接的一種模式，內(nèi)含子保留影響mRNA的特性和蛋白質(zhì)的編碼，有其獨(dú)特和

3、重要的作用。雖然我們知道部分內(nèi)含子保留事件發(fā)生在3’非編碼區(qū)，而人類(lèi)中miRNAs靶標(biāo)在3’非編碼區(qū)內(nèi)，但是對(duì)于3’非編碼區(qū)的內(nèi)含子保留事件對(duì)miRNAs靶標(biāo)的影響還沒(méi)有系統(tǒng)的研究過(guò)。本文中，我們從MAASE和ASD兩大數(shù)據(jù)庫(kù)的近萬(wàn)個(gè)人類(lèi)選擇性剪接基因中發(fā)現(xiàn)共有2，864個(gè)基因含有至少一個(gè)內(nèi)含子保留事件，進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)共有387個(gè)基因在3’非編碼區(qū)含有至少一個(gè)內(nèi)含子保留事件。我們通過(guò)三個(gè)在線(xiàn)靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具miRanda，TargetSca

4、nS和PicTar分析這些保留內(nèi)含子可能含有的miRNAs靶標(biāo)。研究發(fā)現(xiàn)mRNA可能含有比目前發(fā)現(xiàn)的更多miRNA靶標(biāo)，一些mRNA能通過(guò)3’UTR區(qū)的內(nèi)含子保留而受到miRNA的調(diào)節(jié)。研究還發(fā)現(xiàn)保留內(nèi)含子能顯著增加宿主基因被miRNA調(diào)節(jié)的可能，一些基因內(nèi)含子保留區(qū)域比其他區(qū)域更可能含有miRNA的靶標(biāo)位點(diǎn)。我們通過(guò)比較目前多個(gè)在線(xiàn)miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具所采用的數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)很多3’UTR序列是不完整的，一些含有保留內(nèi)含子的長(zhǎng)序列被忽視掉了