二化螟神經(jīng)組織轉(zhuǎn)錄組分析與部分神經(jīng)肽及神經(jīng)肽受體的基因克隆.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、二化螟[Chilo suppressalis(Walker)]是重要的水稻鉆蛀性害蟲。二化螟的抗藥性一直以來是水稻害蟲防治中的重要課題之一。國內(nèi)外學(xué)者對二化螟的研究大多數(shù)集中在生理生化指標檢測或者少數(shù)基因的研究,其轉(zhuǎn)錄組層面的研究還未見發(fā)現(xiàn)。
   近年來,由于高通量測序技術(shù)具有成本較低,測序容量較高的特點,且可以直接在面對上百萬mRNA時直接獲得基因的表達信息而不依賴基因的克隆和注釋,此技術(shù)被越來越廣泛的應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組譜的分析。

2、為了深入了解二化螟的遺傳信息,本研究應(yīng)用了新一代高通量測序技術(shù)Illumian's Solexa平臺對二化螟老熟幼蟲的神經(jīng)組織的轉(zhuǎn)錄組進行測序,并結(jié)合SOAPdenovo拼接等聚類分析軟件,獲取了多個假定的神經(jīng)肽受體及其配體的基因,具體研究結(jié)果如下:
   1:測序的數(shù)據(jù)產(chǎn)量堿基數(shù)約為2,215,507,650nt,總共進行了26,022,226次讀數(shù),每次讀長為75bp,產(chǎn)生總共702,465個contig,拼接之后獲得146

3、,770 scaffolds,平均長度233nt。最后得到了76,016條Unigene,平均長度440nt。
   2:通過BLASTx將二化螟神經(jīng)組織轉(zhuǎn)錄組序列依次對比到Nr,SWISS-PROT、KEGG和COG數(shù)據(jù)庫進行功能注釋(Evalue<10-5),對比到Nr數(shù)據(jù)庫的有28,704條unigene,對比到 SWISS-PROT數(shù)據(jù)庫的有20,964條unigene,對比到 KEGG數(shù)據(jù)庫的有16,693條unige

4、ne,對比到COG數(shù)據(jù)庫的有8,587條unigene,對比到GO數(shù)據(jù)庫的有6,694條unigene。其中,對比到物種Tribolium castaneum中的unigene數(shù)量最多,有5,377條unigene。通過進一步Blastn比對,根據(jù)“基因結(jié)構(gòu)相似,功能同源”的原理,在二化螟神經(jīng)組織轉(zhuǎn)錄組文庫中篩選到14條神經(jīng)肽相關(guān)基因以及50條神經(jīng)肽受體相關(guān)基因。
   3:對14條神經(jīng)肽相關(guān)基因及50條神經(jīng)肽受體相關(guān)基因進行克

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