類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者關(guān)節(jié)成纖維樣滑膜細(xì)胞差異表達(dá)lncRNAs檢測及初步生物信息學(xué)分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)作為介導(dǎo)基因表達(dá)調(diào)控的功能性RNA分子,參與機(jī)體多種生理和病理過程。然而,有關(guān)lncRNA分子在類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(rheumatoid arthritis,RA)患者成纖維樣滑膜細(xì)胞(fibroblast-like synoviocytes,F(xiàn)LSs)中的功能和作用機(jī)制尚未見報(bào)道。本文通過分析研究RA患者和外傷患者關(guān)節(jié)FLSs中差異表達(dá)的lncRNAs,初步探索ln

2、cRNAs在RA發(fā)生發(fā)展中的作用。
  方法:取手術(shù)切取的3例RA患者和3例外傷患者的膝關(guān)節(jié)滑膜組織,原代培養(yǎng)滑膜FLSs至第3代。用Arraystar Human LncRNA Microarray V3.0對FLSs中的lncRNAs和mRNAs進(jìn)行檢測,篩選出差異表達(dá)的lncRNAs和mRNAs(差異倍數(shù)>2,P<0.05)。對轉(zhuǎn)錄差異表達(dá)mRNAs的基因進(jìn)行基因本體和信號通路分析。隨后用實(shí)時(shí)熒光定量PCR擴(kuò)大樣本量驗(yàn)證可能

3、與RA發(fā)病機(jī)制有關(guān)的差異表達(dá)mRNAs和lncRNAs。分析差異表達(dá)的lncRNAs與RA相關(guān)的實(shí)驗(yàn)室指標(biāo)和疾病活動性指數(shù)之間的關(guān)系。進(jìn)行受試者工作特征曲線(ROC)分析,評估差異表達(dá)的lncRNAs對RA的診斷價(jià)值。采用Cytoscape軟件構(gòu)建mRNA-lncRNA共表達(dá)分析網(wǎng)絡(luò),分析預(yù)測差異表達(dá)的lncRNAs功能和致病機(jī)制。
  結(jié)果:1.芯片結(jié)果顯示,與對照組(CON-FLSs)相比,RA-FLSs中共發(fā)現(xiàn)有135條 l

4、ncRNAs差異表達(dá),其中62條上調(diào),73條下調(diào);103條mRNAs差異表達(dá),其中36條表達(dá)上調(diào),67條表達(dá)下調(diào)。
  2.定量PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示,與CON-FLSs相比,RA-FLSs中ENST00000483588表達(dá)上調(diào),ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表達(dá)下調(diào),和芯片結(jié)果一致。
  3. ENST00000483588、ENST00000438399、uc004af

5、b.1和ENST00000452247的ROC曲線下面積分別為0.85,0.92,0.97和0.92,提示這些差異表達(dá)的lncRNAs可能對RA有一定的診斷價(jià)值。此外,在RA患者中,ENST00000483588的表達(dá)水平與C-反應(yīng)蛋白(CRP)水平和簡化的疾病活性指數(shù)(SDAI)得分呈正相關(guān)。
  4. lncRNA-mRNA共表達(dá)分析結(jié)果顯示ENST00000483588、ENST00000438399、uc004afb.1和

6、ENST00000452247分別和9、9、8和12個mRNAs有較一致的表達(dá)模式。
  5.基因本體分析結(jié)果顯示,上調(diào)的mRNAs參與了373個生物學(xué)過程,15個細(xì)胞組成成分,34個分子功能;下調(diào)的mRNAs參與了129個生物學(xué)過程,17個細(xì)胞組成成分,20個分子功能。信號通路分析結(jié)果顯示,上調(diào)的mRNAs參與了9條信號通路,下調(diào)的mRNA參與了27條信號通路。
  結(jié)論:1.與對照組相比,RA-FLSs中l(wèi)ncRNAs表

7、達(dá)譜發(fā)生了顯著變化,其中ENST00000483588表達(dá)上調(diào),ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表達(dá)下調(diào)。ENST00000483588表達(dá)水平與疾病活動性指標(biāo)CRP水平及SDAI得分呈正相關(guān)關(guān)系,可能對診斷和評估RA疾病活動性有潛在的價(jià)值。
  2.生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示,RA-FLSs中差異表達(dá)的編碼基因參與了雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、低氧誘導(dǎo)因子(HIF-1)、細(xì)胞凋亡等

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