1、序列比對作為生物信息學中最基本的分析研究方法，是在兩個或者多個蛋白質序列之間或核苷酸序列之間進行比較，分析它們的相似性和同源性, 尋找有進化關系的序列之間共同保守區(qū)域、位點和輪廓（profile），從而探索導致它們產(chǎn)生共同功能的序列模式。 序列比對分為兩序列比對和多序列比對。多序列比對問題是典型的NP難問題。當前存在的多序列比對算法和多序列比對程序，都試圖在較少的時間和空間消耗下取得盡可能好的比對結果。 事實上，替代矩陣

2、在序列比對中扮演著極其重要的角色，直接影響最終的比對結果。目前生物序列比對中常用的替代矩陣都是氨基酸替代矩陣和核苷酸替代矩陣。我們知道，基因突變發(fā)生在核苷酸級，是由某個核苷酸堿基發(fā)生突變引起的，但是突變是否被自然選擇所接受則取決于蛋白質的結構和功能，因此選擇是發(fā)生在氨基酸級的。單純使用氨基酸和核苷酸來構造替代矩陣都存在遺傳信息缺失的可能，這兩種替代矩陣都不是太準確。 密碼子既包含了核苷酸的信息又可推算出對應的氨基酸，所以以密碼子