1、系統(tǒng)發(fā)生學是分子進化生物學的一個重要研究領(lǐng)域，涉及生物信息學、數(shù)學、生物統(tǒng)計學以及計算機等學科.近年來，基于系統(tǒng)發(fā)生學的計算分子進化發(fā)展迅速，在進化遺傳學、生態(tài)學以及病毒學、發(fā)育生物學等實驗生物學方面有很好的應用.在對編碼蛋白質(zhì)序列研究時，通常利用馬爾可夫鏈理論進行置換模型的構(gòu)建.置換模型是研究分子進化的重要手段，因此，對置換模型的研究具有重要的意義.
　　本文主要研究了兩類密碼子置換模型的正向選擇估計及其統(tǒng)計檢驗.本文在第二章中

2、利用CUSP軟件統(tǒng)計并計算了同義密碼子的使用偏性值；在同義密碼子的使用偏性的基礎(chǔ)上建立了新的置換模型，利用極大似然方法估計參數(shù)并判斷了物種序列位點是否處于正向選擇.本文第三章研究了基于兩種顛換式樣和離散選擇變量分布的密碼子模型，首先將傳統(tǒng)意義上的顛換細分成兩類：A←→T或G←→C間的顛換與A←→C或T←→G間的顛換，本文基于兩種顛換式樣構(gòu)建了新的密碼子置換模型，同時在該模型的基礎(chǔ)上考慮了位點間選擇壓力變量服從離散分布，建立了另一個新的密