1、由于蛋白質折疊機制的復雜性,直到現(xiàn)在,在蛋白質折疊普遍性質的研究中簡化模型仍被廣泛地使用。在這篇論文中,在第一章給出一個當前蛋白質折疊問題研究進展的簡要回顧之后；第二章介紹了蛋白質的一些基礎知識和蛋白質結構預測的主要方法；接著從第三章到第五章,介紹了我們利用簡單模型和窮舉模擬的幾項研究工作。
　　 在第三章,我們研究了溶液環(huán)境對蛋白質折疊的影響。我們在簡單的HP格點模型中引入溶液對蛋白質表面的吸引勢來研究溶液環(huán)境的影響。我們的數(shù)

2、值模擬結果顯示,那些在沒有環(huán)境影響時是高可設計的結構,在溶液環(huán)境的影響下將增加它們的平均能隙變得更加穩(wěn)定。我們還得到了那些具有大能隙的序列,處于溶液環(huán)境中時它們的能隙也將增大。在不同表面吸引勢下,最大平均能隙的線性增加有一個突變點,這意味著在不同的環(huán)境條件下最穩(wěn)定的結構發(fā)生了改變。這些結果表明那些自然選擇的結構和序列在適當?shù)娜芤涵h(huán)境下將會更加穩(wěn)定,同時在不同的溶液環(huán)境下自然可能會選擇不同的結構。
　　 在第四章,我們研究了蛋白質

3、集聚時的類瘋牛病蛋白折疊行為。我們利用簡單的格點模型來研究由27個單體蛋白聚集成的多聚體的類瘋牛病蛋白折疊行為。通過窮舉計算,我們觀察到了這種折疊行為。在單個蛋白質的時侯,模型蛋白將穩(wěn)定地處于孤立狀態(tài)下的基態(tài)結構,但是當集聚在一起時它們可能改變它們的穩(wěn)定結構,以得到更低的集聚體的能量。我們觀察了折疊行為隨界面間相互作用強度改變的變化情況,發(fā)現(xiàn)只有在界面間相互作用強度足夠大時最穩(wěn)定結構的改變才會發(fā)生。這些結果支持瘋牛病的“唯蛋白(prot

4、ein-only)”假說,并與實驗上觀察到的一些現(xiàn)象相一致:不同的環(huán)境會影響瘋牛病蛋白的誤折疊和集聚能力。
　　 在第五章,我們研究了二級結構對蛋白質折疊屬性的影響。利用HP格點模型,我們考慮處在類二級結構元中的接觸對具有更低的能量來研究二級結構對折疊的影響。我們觀察到在考慮二級結構元的影響時,蛋白質選擇了最緊湊結構中更少的一部份結構,這些結構同時具有大的平均能隙和高可設計度。動力學研究顯示這些結構是動力學更容易達到的。這些結構