砷暴露致肝纖維化系統(tǒng)評價及差異蛋白組學分析.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:運用文獻計量學方法和統(tǒng)計學原理,對2005~2016年國內外公開發(fā)表的主題為“砷致病機制”的文獻進行定量和定性分析,以揭示國內外砷致病機制的研究現(xiàn)狀、熱點與發(fā)展趨勢;以人群流行病學調查資料為基礎,運用meta分析的方法評價砷暴露與肝纖維化的關系;運用8標同位素標記相對和絕對定量(isobaric tags for relative and absolute quantification, iTRAQ)技術結合二維液相色譜串聯(lián)質譜(

2、2DLc-MS/MS)技術篩選出砷致肝纖維化大鼠肝臟中的差異蛋白,并對其進行生物信息學分析,為進一步闡明砷致肝纖維化的作用機制提供資料。
  方法:運用文獻管理軟件ENDNOTE對2005~2016年國內外公開發(fā)表的主題為“砷致病機制”的文獻進行發(fā)表年份和來源期刊的分析,再使用信息可視化軟件CiteSpace對Web of ScienceTM核心合集和CNKI核心期刊專輯中同一時間段中該研究領域的文獻進行共引、共現(xiàn)、共詞、聚類分析

3、。計算機檢索CNKI全文數(shù)據(jù)庫、萬方全文數(shù)據(jù)庫、中國生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫、維普數(shù)據(jù)庫、PubMed數(shù)據(jù)庫、web of science全庫、 EMBASE數(shù)據(jù)庫,檢索詞為砷暴露和肝纖維化,檢索時間從建庫至2016年12月31日,按照納入和排除標準篩選文獻,提取資料并評價納入文獻的質量,采用Stata12.0軟件進行mata分析,計算合并OR值和95%CI值,并進行敏感性分析和發(fā)表偏倚評估。建立亞砷酸鈉致肝纖維化大鼠模型,運用8標iTRAQ

4、技術結合2DLc-MS/MS技術篩選差異蛋白,將差異蛋白放入Uniprot和STRING10.0,查看其代表的基因、功能和參與的通路,再用Goanna軟件分析差異蛋白參與的生物過程、所在的細胞位置和分子功能,在GO注釋分析的基礎上,用R軟件對差異蛋白參與的生物學過程進行聚類分析,篩選出主要作用通路。
  結果:1、從年發(fā)文量來看,國內外砷致病機制研究的發(fā)展比較均衡,期間有小幅波動,年均發(fā)文量227-260篇,但從2013年開始該研

5、究領域發(fā)表的文獻數(shù)量呈下降趨勢。2、國內外文獻發(fā)表數(shù)量大于10的期刊均為核心期刊,國外來源期刊中93%JCR分區(qū)分布在Q1、Q2,37%期刊的影響因子大于5,研究領域主要集中在藥理學、毒理學、生物化學與分子生物學等領域。3、結合H指數(shù)和高被引結果分析,在砷致病機制研究領域學術成就排名前四的作者為Styblo Miroslav、Vahter Marie、Thomas DanielJ、Aposhian HV;起到關鍵作用排名前三位的作者為Y

6、amanaka K、Anonymous和Mass MJ;既是經典文獻又是關鍵文獻的論文是 A new metabolic pathway of arsenite:arsenic-glutathione complexes are substrates for human arsenic methyltransferase Cyt19和Trivalent arsenicals are bound to proteins during re

7、ductive methylation。4、合作發(fā)文量前三的國外作者為Naranmandura, Hua,Suzuki, Kazuo T和Waalkes, Michael P,合作發(fā)文量前三的國家為美國、中國和日本,合作密切程度前三的國家為美國、加拿大和德國;機構中亞利桑那大學研究成果最多。國內合著發(fā)文量前三的作者為鄭玉建、王績英和吳君,合著研究成果第一的機構是貴陽醫(yī)學院附屬醫(yī)院感染科。5、國外砷致病機制的研究熱點為毒性、氧化應激、甲基

8、化、細胞轉化、三氧化二砷、信號通路、谷胱甘肽以及蛋白機制研究,國內該領域研究熱點為三氧化二砷、細胞凋亡、亞砷酸鈉、砷中毒機制研究。6、無機砷、表達、去甲基化酸、膀胱癌、砷甲基化是砷致病機制研究領域不同時間段的研究前沿。7、砷致病機制研究主題為三氧化二砷,甲基化,攝入方式、劑量等6項。8、對砷暴露與肝纖維化關系進行系統(tǒng)評價發(fā)現(xiàn),異質性檢驗結果χ2=9.27,P=0.234(>0.10),I2=24.5%(<50%)。Z=8.42,P<0.

9、01,砷暴露與非砷暴露肝纖維化發(fā)生有差異,差異有統(tǒng)計學意義。結果合并OR值為3.50,95%CI為2.615-4.685,即砷暴露地區(qū)的肝纖維化發(fā)病是非砷暴露地區(qū)的3.5倍。9、研究發(fā)現(xiàn)Hic-5蛋白、谷胱甘肽合成酶在中、高劑量染毒組均上調,原肌球蛋白共有六種蛋白,其中Tmp2在中、高劑量染毒組下調,其他五種均顯示上調。與肝纖維化密切相關的信號轉導通路為MAPK通路、 PPARγ-NFκB信號通路、TGF-β通路、Wnt信號通路。差異蛋

10、白中主要的生物學過程為代謝,其中氨基酸合成和代謝,糖代謝,脂肪酸合成和代謝為主要的過程。
  結論:1、利用計算機文本挖掘技術提取砷致病機制研究中的現(xiàn)狀、熱點和主題,從全局的角度上進行分析和把控,為進一步的研究提供文獻理論基礎。2、砷暴露與肝纖維化發(fā)生相關,提示砷暴露可能是肝病高發(fā)的一個危險因素。3、差異蛋白中Hic-5蛋白、谷胱甘肽合成酶、原肌球蛋白與肝纖維化發(fā)生關系密切,MAPK通路、 PPARγ-NFκB信號通路、TGF-β

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