基于RNA的PCR技術(shù)對食品中沙門氏菌與金黃葡萄球菌的檢測.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、食品微生物是影響食品安全的重要因素,由食源性致病菌引起的病例越來越多。致病菌往往共存于復(fù)雜的生物體系中,且個體微小、致病性高,因此,微生物檢測方法必須要高靈敏度、強特異性以及較短的分析時間。傳統(tǒng)的培養(yǎng)法,需要3~7天的時間,操作繁瑣,所用試劑復(fù)雜多樣,無法對微生物進行實時而有效的監(jiān)測和防控;而基于DNA水平的普通聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)檢測技術(shù),雖然具有特異性強、靈敏度高、操作簡單的特點,但卻無法區(qū)分死、活細菌,使得檢測結(jié)果與現(xiàn)行的致病

2、菌檢測標準不一致,故普通PCR法只能用來對已經(jīng)分離培養(yǎng)的致病菌進行快速鑒定,而不能對樣品中的致病菌進行直接檢測。因此,建立一套快速、靈敏又能區(qū)分死、活菌的檢測方法,尤為重要。
  本研究選取食品中代表性的致病菌,即革蘭陰性沙門菌(Salmonella)和革蘭陽性金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus),分別以沙門氏菌invAmRNA與金黃色葡萄球菌femA mRNA為檢測對象,建立了一套Taqman探針一步實時

3、逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)(RT-PCR)檢測法,主要有以下結(jié)論:
  1)該一步RT-PCR測法,活菌的檢測結(jié)果顯陽性,死菌的檢測結(jié)果呈現(xiàn)陰性,能夠有效的區(qū)分死、活菌;
  是否為陽性樣本還可采用以下方法判定:
  若同一樣本RT-PCR的擴增Ct值與PCR的擴增Ct值相差大于等于4,則該樣本為陽性;若二者的Ct差值小于4,那么使用DNaseI再消化一次,如果再次消化后,二者的Ct差值大于等于4,那么該樣本為陽性,反之則為

4、陰性;
  2)菌液在4℃的環(huán)境保存時,細菌的代謝活性會減弱,mRNA的表達量會下降,在進行RT-PCR檢測時,應(yīng)預(yù)先活化菌液;最佳增菌方式為:50μL菌液添加到3mLLB液體培養(yǎng)基中,200rpm、37℃震蕩培養(yǎng)3h;
  3)離心柱式試劑盒法所提取的RNA能夠用于RT-PCR對活菌的檢測,而傳統(tǒng)TrizolRNA提取法所提取的RNA不適用于RT-PCR對活菌的檢測;
  4)一步法與兩步法RT-PCR在檢測結(jié)果的C

5、t值上,沒有較為明顯的差異,但一步法耗時短,易于操作,檢測成本低,更適合于食源性致病菌的快速檢測;
  5)DNA會干擾RT-PCR對mRNA的檢測,RT-PCR檢測時,需使用DNaseI除去RNA抽提液中殘留的DNA,才能有效的區(qū)分死、活菌;兩次DNaseI的使用幾乎能去除所有的殘留DNA,是否需再次使用DNaseI的判定方法:在經(jīng)RT-PCR擴增后,活菌與死菌的Ct值相差大于等于4時,可認為兩者的Ct值存在差異,可再次使用DN

6、aseI消化提取液;否則,重新實驗;
  6)探針、引物是影響RT-PCR檢測的重要因素,將直接影響RT-PCR的定量結(jié)果;本文自設(shè)計的femA引物、探針具有高度的特異性,其RT-PCR擴增產(chǎn)物序列與金黃色葡萄球菌femA基因序列同源,相似性達100%;在DNA定量的準確性上已經(jīng)接近市售標準試劑盒水平,在靈敏度上已高于市售試劑盒;該引物、探針可用于普通試劑盒的生產(chǎn);
  7)該一步RT-PCR檢測法穩(wěn)定性良好,能夠檢測到處于

7、VBNC狀態(tài)下的沙門氏菌,具有較強區(qū)分死、活菌的能力;在檢出限、靈敏度上均優(yōu)于現(xiàn)行國家商檢標準;沙門氏菌:靈敏度為4×103CFU/mL,檢出限可達1CFU/3mL;最佳擴增參數(shù)為:45℃×10min;95℃×15min;94℃×20s,60℃×20s,72℃×20s,40cycles;單點熒光在72℃;選用FAM通道檢測;金黃色葡萄球菌:靈敏度為9×102CFU/mL,檢出限可達1/3CFU/3mL;最佳擴增參數(shù)為:45℃×10min

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