1、菊花（Chrysanthemum morifolium Ramat）是菊科（Asteraceae）菊屬的多年生草本植物，具有很高的觀賞價(jià)值和藥用價(jià)值，在觀賞園藝及傳統(tǒng)醫(yī)藥領(lǐng)域有著廣泛的應(yīng)用。藥用菊花品種繁多，遺傳背景比較復(fù)雜，不過(guò)目前藥用菊花的種質(zhì)創(chuàng)新缺少突破性的進(jìn)展。因此，為了藥用菊花的充分利用和種質(zhì)選育，開展藥用菊花種質(zhì)遺傳多樣性評(píng)價(jià)及保護(hù)研究是十分急迫和必要的。
　　本研究首先基于數(shù)據(jù)庫(kù)中菊花同屬近緣種的EST序列開發(fā)了一批

2、穩(wěn)定性、通用性好和多態(tài)性高的藥用菊花SSR標(biāo)記。然后利用SCoT和SSR兩種分子標(biāo)記對(duì)32份藥用菊花進(jìn)行遺傳多樣性檢測(cè)與評(píng)價(jià)。旨在為藥用菊花的品種鑒定、遺傳多樣性研究及遺傳資源道地性保護(hù)提供可靠的參考數(shù)據(jù)，為實(shí)現(xiàn)最大限度的保存藥用菊花遺傳多樣性的策略提供科學(xué)依據(jù)。主要研究方法與結(jié)果如下：
　　1、試驗(yàn)建立并優(yōu)化了SCoT和SSR反應(yīng)體系：
　?。?）藥用菊花SCoT-PCR最佳反應(yīng)體系（20μL）：含模板DNA10 ng，1

3、0×PCR buffer2.0μL，引物0.8μmol/L，dNTPs0.2 mmol/L，Mg2+2.0 mmol/L，Taq酶1.5 U。SCoT-PCR擴(kuò)增程序：94℃預(yù)變性4 min；35個(gè)循環(huán)（94℃變性1 min，引物Tm值復(fù)性1 min，72℃延伸2 min）；72℃延伸10 min，4℃保存。
　?。?）藥用菊花SSR-PCR最佳反應(yīng)體系（20μL）：含模板DNA60 ng，10×PCR buffer2.0μL，正

4、、反向引物各0.25μmol/L，dNTPs0.3 mmol/L，Mg2+3.0 mmol/L，Taq酶1.5 U。SSR-PCR擴(kuò)增程序：94℃預(yù)變性5 min；35個(gè)循環(huán)（94℃變性40 s，引物Tm值復(fù)性40 s，72℃延伸1 min）；72℃延伸10 min，4℃保存。
　　2、基于菊屬植物的序列表達(dá)標(biāo)簽（EST）序列成功開發(fā)藥用菊花EST-SSR引物18對(duì)，并利用該引物對(duì)采自浙江桐鄉(xiāng)的杭菊“小洋菊”群體的32個(gè)單株進(jìn)行微

5、衛(wèi)星位點(diǎn)與多態(tài)性分析，結(jié)果表明，每個(gè)位點(diǎn)等位基因數(shù)在3~11個(gè)之間，每個(gè)位點(diǎn)期望雜合度He為0.5448~0.7639。
　　3、基于SSR和SCoT標(biāo)記的藥用菊花遺傳多樣性分析：
　　（1）SCoT標(biāo)記分析：篩選出的32條引物共擴(kuò)增出872條帶，不同引物的多態(tài)性百分比在73.08％~100%之間，平均多態(tài)性比率為90.02%。多態(tài)性信息含量變化范圍為0.950~0.993（0.975，PIC>0.5）；各材料的遺傳相似系數(shù)

6、在0.565~0.882之間。
　?。?）SSR標(biāo)記分析：成功應(yīng)用了55對(duì)理想引物，共擴(kuò)增出1319條帶，大多數(shù)條帶大小集中在100~500bp，其中多態(tài)性條帶有1306條（占98.90%）。不同引物的多態(tài)性百分比在92.0%~100%之間。多態(tài)性信息含量變化范圍為0.938~0.993（0.973，PIC>0.5）；各材料的遺傳相似系數(shù)范圍為0.533~0.809。
　?。?）基于兩種標(biāo)記數(shù)據(jù)合并后的UPGMA聚類結(jié)果顯示

7、，藥用菊花種質(zhì)間的遺傳相似系數(shù)為0.553~0.831，另外通過(guò)UPGMA聚類和主坐標(biāo)分析發(fā)現(xiàn)，SCoT和SSR及整合標(biāo)記（SCoT+SSR）均將32份藥用菊花種質(zhì)聚為兩大類，I類包括22份種質(zhì)，II類包括10份。
　　4、SCoT、SSR及SSR+SCoT標(biāo)記之間的相關(guān)性分析：應(yīng)用Mantel測(cè)驗(yàn)對(duì)SCoT、SSR及綜合標(biāo)記進(jìn)行相關(guān)性分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，SCoT和SSR標(biāo)記相關(guān)性顯著（r=0.48，P=1.00），但綜合標(biāo)記（SSR