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![16S rRNA等相關(guān)基因快速檢測幽門螺桿菌及其毒力的多重基因定量分析系統(tǒng)的建立與應(yīng)用.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/19/12/417c2d0c-1d7a-4888-bff4-c4d6df9d1ca4/417c2d0c-1d7a-4888-bff4-c4d6df9d1ca41.gif)
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文檔簡介
1、目的:
1.設(shè)計針對H.pylori菌種特異性及其毒力相關(guān)基因位點的引物,建立H.pylori鑒定、毒力相關(guān)基因的25重體系的多重基因分析系統(tǒng)。
2.評估H.pylori多重基因分析系統(tǒng)檢測幽門螺桿菌的靈敏度和特異度。
3.利用H.pylori單拷貝基因ureC基因建立標(biāo)準(zhǔn)定量曲線,建立H.pylori定量分析系統(tǒng)。
方法:
1.建立H.pylori鑒定、毒力相關(guān)基因的25重體系的多重基
2、因分析系統(tǒng)
在NCBI數(shù)據(jù)庫獲取25種鑒定和毒力相關(guān)基因的原始序列,利用NCBI-Primer、Primer3.0、Premier Primer5.0三種引物設(shè)計工具針對每種基因設(shè)計多對引物。利用H.pylori標(biāo)準(zhǔn)菌株NCTC11637和悉尼SS1的DNA模版反復(fù)驗證所設(shè)計引物的有效性,同時不斷改變多重PCR的反應(yīng)條件(主要是退火溫度),最后摸索出25對引物的最佳組合以及最佳反應(yīng)條件,減少引物之間的競爭,抑制非特異擴(kuò)增,最終
3、使每對引物都能夠有效表達(dá)。
2.評估多重基因分析系統(tǒng)靈敏度和特異度
構(gòu)建載體,建立10倍濃度梯度,拷貝數(shù)分別為10、1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、1×107和1×108,針對每個拷貝數(shù)看多重基因分析系統(tǒng)是否有目的擴(kuò)增信號來評估其靈敏度。利用大腸埃希菌標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC25922、銅綠假單胞菌標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC27853、乙肝病毒標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)控品、水作為陰性模版作為陰性對照體系,引物為25對上述針對
4、H.pylori設(shè)計的引物,根據(jù)是否有擴(kuò)增信號來評估該多重PCR系統(tǒng)的特異度。
3.利用H.pylori單拷貝基因ureC基因建立標(biāo)準(zhǔn)定量曲線,建立H.pylori定量分析系統(tǒng)。
構(gòu)建載體,建立10倍濃度梯度,拷貝數(shù)分別為1、10、1×102、1×103、1×104、1×105、1×106、1×107和1×108,根據(jù)每個拷貝梯度所得出的目的峰面積,利用Curve expert統(tǒng)計軟件建立拷貝數(shù)與峰面積之間的函數(shù)關(guān)系
5、。
結(jié)果:
1.H.pylori鑒定、毒力相關(guān)基因的25重體系的多重基因分析系統(tǒng)的建立
通過對引物和反應(yīng)條件的反復(fù)優(yōu)化,最終使4對重要的鑒定基因(16SrRNA、ureC、26KDa和ureA基因)的引物和21對毒力相關(guān)基因在同一反應(yīng)體系中均得到有效表達(dá)。探索到最佳反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性1min,94℃變性30s,60℃退火30s,70℃延伸1min,35個循環(huán),最后70℃延伸1min。引物最適濃度:ur
6、eC基因的正向引物為200nmol/μL,反向引物為1μmol/μL;其余每對引物的濃度均為200nmol/μL。最佳模板濃度為10nmol~20nmol范圍之間。
2.多重基因分析系統(tǒng)靈敏度和特異度的評估
對各梯度的擴(kuò)增結(jié)果顯示,該系統(tǒng)最少可以擴(kuò)增出10拷貝的ureC基因,靈敏度很高;用大腸埃希菌標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC25922、銅綠假單胞菌標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC27853、乙肝病毒標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)控品、水作為陰性模版作為陰性對照體系時
7、,該多重基因分析系統(tǒng)并沒有出現(xiàn)任何擴(kuò)增信號,表明系統(tǒng)高度特異。
3.通過建立H.pylori標(biāo)準(zhǔn)定量曲線建立定量分析系統(tǒng)
選取1×108、1×107、1×106、1×105、1×104、1×103、1×102、10梯度建立標(biāo)準(zhǔn)曲線。8個點對應(yīng)的GeXP的曲線下面積分別為105032、62315、56476、47014、33849、23843、11106、7023。根據(jù)各梯度拷貝數(shù)和其所對應(yīng)的GeXP曲線下面積來建立標(biāo)
8、準(zhǔn)定量曲線。所得標(biāo)準(zhǔn)曲線的相關(guān)系數(shù)r=0.99817222>0.99,因此該標(biāo)準(zhǔn)定量曲線可以用來對H.pylori進(jìn)行定量。
結(jié)論:
1.多重基因分析系統(tǒng)應(yīng)用于H.pylori的檢測能同時檢測多個基因位點的表達(dá),可以利用多基因來確證H.pylori的感染,同時根據(jù)多重毒力相關(guān)基因的表達(dá)情況可以預(yù)測H.pylori的致病性,具有重要臨床指導(dǎo)意義。
2.該多重基因分析系統(tǒng)具有快速、高靈敏度和高特異度的特點,還可
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