龍眼體胚發(fā)生過程中內(nèi)源誘捕靶標(biāo)(eTM) 調(diào)控miRNA的應(yīng)用研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、龍眼(Dimocarpus longan Lour.)又名桂圓。常綠喬木。其胚胎發(fā)育狀況影響著果實(shí)的產(chǎn)量及品質(zhì)。植物胚胎的發(fā)育是一個細(xì)胞分化的過程,該過程中必然存在眾多調(diào)控因子的作用。而microRNA(miRNA)和內(nèi)源誘捕靶標(biāo)(eTM)作為一類新型調(diào)控因子在植物胚胎的細(xì)胞分化和發(fā)育過程中起著重要的調(diào)控作用。植物體胚與活體胚胎在形態(tài)和分子水平上具有相似性,是研究植物胚胎發(fā)育的理想實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)。eTM依靠它的特殊結(jié)構(gòu),通過與目標(biāo)miRNA的

2、互補(bǔ),抑制miRNA的表達(dá)。本試驗(yàn)對在龍眼體胚發(fā)生過程中的miRNA與對應(yīng)的eTM研究,分析它們具體對應(yīng)關(guān)系,研究miRNA及eTM對龍眼體胚發(fā)生的作用,為龍眼優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品生產(chǎn)提供參考依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:
  1.基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的龍眼體胚內(nèi)源eTMs的預(yù)測與生物信息學(xué)分析。根據(jù)eTM與miRNA互補(bǔ)結(jié)構(gòu)中均帶有3個核苷酸的環(huán)狀凸起的特殊結(jié)構(gòu),選取龍眼30個miRNA為研究對象,以龍眼轉(zhuǎn)錄組為eTM預(yù)測數(shù)據(jù)庫,最終預(yù)測發(fā)現(xiàn)選取的30

3、個miRNA共對應(yīng)有155潛在的eTMs。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)這些miRNA和eTM存在以下對應(yīng)關(guān)系:1個eTM調(diào)控1個miRNA表達(dá),也可能是1個eTM同時調(diào)控多個miRNA或者多個eTM同時調(diào)控1個miRNA。并在NCBI, Nr, Swissprot,KEGG,GO數(shù)據(jù)庫中,對預(yù)測得出的eTM進(jìn)行功能注釋。結(jié)果發(fā)現(xiàn)預(yù)測的大部分eTM為未知蛋白;其次為各種酶類,如RNA聚合酶、加工酶、激酶、轉(zhuǎn)移酶、解旋酶、連接酶、水解酶、核糖核酸酶和加氧

4、酶;此外,還包括一些次生代謝合成相關(guān)酶類等。
  2.eTM和對應(yīng)miRNA在龍眼體胚發(fā)生過程中實(shí)時熒光定量PCR表達(dá)分析。eTM-miRNA配對保留的目標(biāo)轉(zhuǎn)錄物,以被其互補(bǔ)的miRNA切割,導(dǎo)致目標(biāo)mRNA的表達(dá)水平增加。根據(jù)所預(yù)測并篩選的45個eTMs和相對應(yīng)的30個miRNAs進(jìn)行實(shí)時熒光定量分析試驗(yàn)。通過分析eTM與miRNA在龍眼胚性愈傷組織(EC)、不完全胚性緊實(shí)結(jié)構(gòu)(ICpEC)和球形胚(GE)中的表達(dá)水平的變化趨勢

5、:EC到ICpEC的發(fā)育階段過程中eTM1866與miR159a.1、eTM20206與miR164a、eTM3727與miR319b、eTM3727與miR166c*、eTM8169與miR172a、eTM19726與miR398a、eTM1255與miR413、eTM23730與miR416、eTM5958與miR419表達(dá)量呈現(xiàn)出負(fù)相關(guān)的趨勢。在ICpEC到GE的發(fā)育階段過程中eTM1866與miR159a.1、eTM20206與

6、miR164a、eTM19726與 miR398a、eTM29075與 miR398b1、eTM19658和eTM22892與miR400、eTM23730與miR416表達(dá)量呈現(xiàn)出負(fù)相關(guān)趨勢,其余的19個miRNA與29個eTMs在龍眼EC、ICpEC和GE中沒有呈現(xiàn)出負(fù)調(diào)控關(guān)系。說明eTM在對miRNA的表達(dá)上起到重要調(diào)控作用,提示起在龍眼種子(胚胎)發(fā)育的調(diào)控中發(fā)揮作用。
  3.eTM和相對應(yīng)miRNA在不同激素處理下龍眼

7、胚性愈傷組織實(shí)時熒光定量PCR表達(dá)分析。在上述基礎(chǔ)上,根據(jù)篩選出在龍眼EC、ICpEC、GE三個發(fā)育階段呈現(xiàn)出具有負(fù)相關(guān)趨勢的9個miRNA與對應(yīng)的16個eTM,以不同激素濃度處理下的龍眼胚性愈傷組織為cDNA為模板中進(jìn)行進(jìn)行實(shí)時熒光定量分析發(fā)現(xiàn):龍眼愈傷組織在受到外源激素KT處理時,在KT的濃度遞增下, miR419與 eTM5958, miR164與 eTM20206, miR159a1與 eTM1866, miR166c*與eTM

8、3727, miR398a與eTM19726的相對表達(dá)量數(shù)據(jù)在部分濃度變化中存在負(fù)相關(guān)趨勢。龍眼愈傷組織在受到外源激素2,4-D處理時,在2,4-D濃度遞增的情況下,miR164與eTM20206,miR172a與eTM1869,miR400與eTM19658,miR159a1與eTM1866,miR166c*與eTM3727, miR398a與eTM19726的相對表達(dá)量數(shù)據(jù)在部分濃度變化中存在負(fù)相關(guān)趨勢。龍眼愈傷組織在受到外源激素N

9、PA處理時,在NPA濃度遞增的情況下,miR164與eTM20206,miR400與eTM19658,miR166c*與eTM3727的相對表達(dá)量數(shù)據(jù)在部分濃度變化中存在負(fù)相關(guān)趨勢。
  研究結(jié)果表明:在龍眼的生產(chǎn)過程中,可以通過一定濃度的KT,NPA,2,4-D激素,對龍眼體胚在生長過程中的miRNA與eTM的表達(dá)情況產(chǎn)生影響,使miRNA與eTM在這一時期功能受到影響。結(jié)合所運(yùn)用的KT和生長素在植物生長發(fā)育中的作用,通過分析m

10、iRNA與eTM在不同激素濃度處理后的響應(yīng)情況,將為調(diào)控龍眼胎的發(fā)育奠定基礎(chǔ)。
  4.龍眼潛在eTM與對應(yīng)miRNA的負(fù)調(diào)控關(guān)系驗(yàn)證。miRNA沉默是一種將人工合成的寡核苷酸小分子miRNA通過導(dǎo)入細(xì)胞。內(nèi)使其與細(xì)胞內(nèi)源性miRNA結(jié)合成異源雙鏈,從而降低抑制miRNA的作用。這種人工合成的寡核苷酸小分子的技術(shù)是對miRNA的功能研究中常用的方法。本試驗(yàn)通過陽離子脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染劑介導(dǎo)miR398a、miR164a模擬體轉(zhuǎn)入龍眼胚性愈

11、傷組織。試驗(yàn)分析證實(shí)eTM19726與miR398a、eTM20206與miR164a具有負(fù)調(diào)控作用。在miR398a與miR164a的表達(dá)水平升高情況下, eTM19726與 eTM20206的表達(dá)水平隨之下降。而在 miR398a與miR164a的表達(dá)水平降低的情況下,eTM19726與eTM20206的表達(dá)水平隨之升高。說明eTM19726與eTM20206分別對miR398a與miR164a存在負(fù)相關(guān)關(guān)系。該研究結(jié)果為進(jìn)一步將e

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