1、基因組選擇是指使用同時(shí)覆蓋全基因組范圍內(nèi)的標(biāo)記進(jìn)行育種值估計(jì)。由此得到的估計(jì)育種值稱(chēng)為基因組育種值(genomic estimated breeding value.GEBV)。目前基因組選擇已逐步成為畜禽育種領(lǐng)域的重要技術(shù)手段，當(dāng)前對(duì)基因組選擇方法的探討正在不斷深入，其中有效的模型及其算法對(duì)提高基因組選擇的準(zhǔn)確性具有重大現(xiàn)實(shí)意義。本論文對(duì)畜禽基因組選擇中貝葉斯方法作了詳細(xì)的概述，選用兩種策略算法進(jìn)行基因組選擇中貝葉斯方法參數(shù)優(yōu)化的研究

2、與應(yīng)用。
　　(1)對(duì)BayesB和BayesCπ方法中的自由度和尺度參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化:
　　本研究是在BayesB和BayesCπ方法的基礎(chǔ)上進(jìn)行優(yōu)化改進(jìn)，依據(jù)層級(jí)貝葉斯定理，對(duì)效應(yīng)方差服從尺度逆卡方分布中的自由度和尺度參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化。它們需要在每次迭代中進(jìn)行抽樣，而不是預(yù)先設(shè)定的固定值，最終抽出符合實(shí)驗(yàn)群體的參數(shù)，以提高基因組育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性。針對(duì)以上BayesB和BayesCπ的改進(jìn)方法，分別命名為BayesFB和Baye

3、sFCπ，程序均用C語(yǔ)言自主編譯完成，并利用模擬數(shù)據(jù)集驗(yàn)證BayesFB和BayesFCπ程序的可靠性。其模擬數(shù)據(jù)包括兩部分。第一部分:用GPOPSIM程序模擬表型和基因型文件，模擬不同的QTL數(shù)(50，200，500，1000)和不同遺傳力(0.05，0.2，0.5，0.9)進(jìn)行研究。每個(gè)模擬重復(fù)10次，以驗(yàn)證該模擬程序的可靠性;第二部分:利用QTL-MAS2011公共數(shù)據(jù)集驗(yàn)證程序的可靠性，并用BayesA、BayesB和Bayes

4、Cπ程序與BayesFB、BayesFCπ作對(duì)比研究，比較基因組育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性。結(jié)果表明:對(duì)于兩組模擬數(shù)據(jù)，BayesFB和BayesFCπ分別與未優(yōu)化之前的BayesB和BayesCπ相比，基因組育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性均有所提高。
　　(2)對(duì)BayesA方法進(jìn)行優(yōu)化，重新獲得自由度和尺度參數(shù)的先驗(yàn)，探討研究如下:
　　假設(shè)不同的性狀具有特異性的自由度和尺度參數(shù)，先用RRBLUP方法或GAPIT程序重新獲得自由度和尺度參數(shù)

5、的先驗(yàn)，然后再將這兩個(gè)參數(shù)代入到BayesA程序中進(jìn)行計(jì)算，這個(gè)方法稱(chēng)為BayesPA。模擬數(shù)據(jù)集顯示:不同的自由度和尺度參數(shù)對(duì)基因組育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性有一定的影響，相對(duì)于BayesA方法，BayesPA方法的基因組育種值準(zhǔn)確性有一定的提高。
　　(3)利用824頭中國(guó)肉用西門(mén)塔爾牛真實(shí)數(shù)據(jù)集，通過(guò)BayesA、BayesB、BayesCπ、BayesFB和BayesFCπ方法，以及BayesPA方法進(jìn)行基因組育種值估計(jì)，并比較這